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starfred
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 13 novembre 2009 : 11:12:13
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Salve a tutti!
Premetto che sono un grande niubbo in materia ma avrei alcune domande.
Nei file PDB presenti nel datatabase rcsb, nelle coordinate ATOM dei residui mancano spesso degli atomi. Mi spiego meglio.
Se io ho PRO nella SEQRES poi nei campi ATOM io ho
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ATOM 1 N PRO A 1 29.061 39.981 4.981 1.00 28.69 N
ATOM 2 CA PRO A 1 29.970 38.922 4.561 1.00 29.08 C
ATOM 3 C PRO A 1 29.325 38.106 3.429 1.00 29.19 C
ATOM 4 O PRO A 1 28.097 38.168 3.298 1.00 29.87 O
ATOM 5 CB PRO A 1 30.106 38.013 5.789 1.00 29.07 C
ATOM 6 CG PRO A 1 28.749 38.112 6.413 1.00 28.59 C
ATOM 7 CD PRO A 1 28.387 39.600 6.246 1.00 29.21 C
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Dato che la formula chimica della PROLINA io ho C5H9NO2, escludendo l'idrogeno mi manca un atomo di ossigeno.
Esistono tool in grado di darmi informazioni riguardo gli atomi mancanti? (Non l'idrogeno, per quello so che ci sono tantissimi tool).
Gli atomi mancanti sono i rotameri? (<--- Se dico cretinate non ridete troppo  )
Spero di essermi spiegato bene, un saluto a tutti.
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 13 novembre 2009 : 14:34:17
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ciao, secondo me non manca nessun atomo di ossigeno. Considera che la tua prolina si trova in una catena polipeptidica, quindi l'ossigeno idrossilico è andato via quando il carbonio carbonilico ha fatto il legame peptidico con l'N dell'aa adiacente.
Non so se era questo che intendevi, ma secondo me ti potrebbe essere di aiuto disegnarti una corta catena polipeptidica con in mezzo una prolina.
Saluti |
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starfred
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 13 novembre 2009 : 14:40:57
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Ok, sto cominciando a capire.
Ora ho un'altra domanda, siccome le informazioni sui rotameri non sono presenti nel PDB, quando manca un atomo come faccio a sapere se manca perché come nel caso di prima "è andato via quando il carbonio carbonilico ha fatto il legame peptidico con l'N dell'aa adiacente" oppure perché li ci va un rotamero.
Saluti |
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RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 13 novembre 2009 : 18:09:09
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Le strutture di peptidi o proteine si ottengono in due modi: tramite la diffrazione dei raggi X di un cristallo oppure tramite NMR (a grandi linee). Nel primo caso non riesci a vedere gli atomi di idrogeno per una questione legata al metodo, mentre nel secondo caso non ci sono particolari limiti, a parte quelle legate alle dimensioni delle molecole che puoi risolvere.
Detto questo, mal che vada in una proteina non vedi gli atomi di idrogeno, ma questo non significa che tu perda delle informazioni.
Ti faccio io una domanda: cosa intendi per rotamero e soprattutto cosa devi fare?
Se riesci a spiegare quello che devi fare forse sarà un pò più facile aiutarti.
ciao |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 13 novembre 2009 : 19:01:17
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No, i rotameri non c'entrano, anche perchè due rotameri hanno esattamente la stessa formula chimica, differiscono solo per come gli atomi sono ruotati attorno ad un legame.
La spiegazione degli atomi "mancanti" è quella che ti ha dato RNA world |
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starfred
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 13 novembre 2009 : 20:01:54
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Io per rotamero avevo capito che era l'atomo mancante nel PDB .
Devo effettuare un programma di statistica all'interno del database PDB che sia in grado di darmi informazioni sui rotameri. Per esempio: quanti rotameri sono presenti mediamente in tutto il database etc. etc.
Le varie definizioni che ho trovato sui rotameri mi hanno sempre più confuso, comunque ricominciando da capo:
Un atomo presente nel file PDB può essere un rotamero? Se si le informazioni che ottengo dai software
Per esempio
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....
Rotamer list with |Delta-Chi| = 40
Residue Flag Chi1 Chi2 Chi3 Chi4
===================================================================
A 2 GLN oo* 151 (-177) 172 ( 180) 121 ( 0)
A 7 GLN oo* -72 ( -65) 81 ( 85) 53 ( 0)
A 8 ARG ooo* -67 ( -67) -162 ( 180) 168 ( 180) 136 ( 180)
....
---
Che tipo di informazioni sono?
Che differenza c'è tra quel tipo di informazione ed una come questa
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# Res Rotamer
Poor rotamers: 5 of 145
A 1 PRO 71.9% (Cg_endo) chi angles: 33.4
A 2 GLN 2.4% (tt0)chi angles: 151.1,171.8,121.1
A 3 ILE 72.7% (mt)chi angles: 303.4,172.9
A 4 THR 44.1% (p)chi angles: 54.9
....
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I due esempi si riferiscono alla stessa proteina.
Grazie ancora per l'attenzione
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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starfred
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 14 novembre 2009 : 10:04:15
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Ok, perfetto, quindi i rotameri si riferiscono agli aminoacidi e posso averne più di uno per lo stesso aminoacido. I rotameri sono le conformazioni che possono assumere i vari aminoaicidi attorno un sigma bonds. Quindi io penso che quelle informazioni che ho incollato al post precedente si riferiscano in qualche modo a quello appena detto... solo che non riesco a capirlo
Un saluto a tutti |
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PDB file ed atomi mancanti
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