Genetica2

Forum

Registrati Discussioni Recenti Preferiti Utenti Cerca Regolamento RSS Statistiche

Utilità

I libri
consigliati:

I mille volti della scienza. Cultura scientifica e umanistica nella società
Antonio Fernandez Ranada

Chimere, cloni e geni
Nicole Le Douarin

Flussi e riflussi. Indagine sull'origine di una teoria scientifica
Lucio Russo

Altri Libri

Nome Utente:	Password:
Riconoscimi automaticamente

Tutti i Forum

Laboratorio

Genetica

Genetica2

Nuova Discussione

Nuovo Sondaggio

Rispondi

Aggiungi ai Preferiti

Cerca nelle discussioni

Risorse di Genetica:

Didattica

Blog Inside the Cell

Protocolli

Siti Scientifici

Quiz

Ultime notizie

Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore

Discussione

pescepescetto
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 27 novembre 2009 : 23:30:45

Ciao ragazzi complimenti prima di tutto per le ottime risposte che date sono un nuovo iscritto ma più volte ho guardato il forum.
Avrei bisogno di una mano riguardo questo esercizio:
Disegnare una sequenza di oligonucleotide da 25nt la cui Tm sia pari a 58 gradi in condizioni di (Nacl)=0,1M
Poi c'è questo
Tm=81,5+16,6xlogbase10(Salt)+0,41(%GC)-675/n-P
GC%=0-100
(Salt)exspress at molar concentration=0-2
n=lenght of primer
P=percent mismatching expressed as 1-100
Grazie mille datemi una mano se potete grazie ancora

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 28 novembre 2009 : 00:45:31

Beh, hai la formula per calcolare la Tm e hai tutti i parametri tranne %GC.
Sostituisci tutto nella formula e trovi %GC.

Dopodichè scrivi un oligo con quella %GC.

Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui

My photo portfolio (now on G+!)

GFPina
Moderatore

Città: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 02 dicembre 2009 : 17:37:08

Citazione:
Messaggio inserito da pescepescetto
da: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=15820

Ciao ragazzi sono alle prese con un esercizio di genetica2:
Disegnare una coppia di primer per amplificare con una pcr una regione di 80kb(primer inclusi)descritti dalla sequenza(accanto c'è un sequenziamento)con Tm compresa tra 48 e 58 gradi centigradi a concentrazione salina 200mM.Se mi date una mano mi fareste un grande favore grazie e ciao a tutti!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!!1

GFPina
Moderatore

Città: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 02 dicembre 2009 : 17:45:05

Come ti ha già risposto chick80 usi la formula che hai per calcolarti la Tm.
Dalla sequenza del frammento che devi amplificare ti disegni dei primer, poi calcoli la Tm e se non va bene li cambi leggermente.

Ad es. hai questa sequenza:

AGCAGTTGTAGCTACCCGCCCAGAAACTAGACACAATGTGCGACGAAGACGAGACCACCGCCCTCGTGTG
CGACAATGGCTCCGGCCTGGTGAAAGCCGGCTTCGCCGGGGATGACGCCCCTAGGGCCGTGTTCCCGTCC
ATCGTGGGCCGCCCCCGACACCAGGGCGTCATGGTCGGTATGGGTCAGAAAGATTCCTACGTGGGCGACG
AGGCTCAGAGCAAGAGAGGTATCCTGACCCTGAAGTACCCTATCGAGCACGGCATCATCACCAACTGGGA
TGACATGGAGAAGATCTGGCACCACACCTTCTACAACGAGCTTCGCGTGGCTCCCGAGGAGCACCCCACC
CTGCTCACCGAGGCCCCCCTCAATCCCAAGGCCAACCGCGAGAAGATGACCCAGATCATGTTTGAGACCT
TCAACGTGCCCGCCATGTACGTGGCCATCCAGGCCGTGCTGTCCCTCTACGCCTCCGGCAGGACCACCGG
CATCGTGCTGGACTCCGGCGACGGCGTCACCCACAACGTGCCCATTTATGAGGGCTACGCGCTGCCGCAC
GCCATCATGCGCCTGGACCTGGCGGGCCGCGATCTCACCGACTACCTGATGAAGATCCTCACTGA

disegni il primer forward, ad es quello che ho segnato in rosso nella sequenza:

AGCAGTTGTAGCTACCCGCCCAG

e vai a vedere la Tm
(ovviamente io ho preso una sequenza a caso e preso un primer a caso senza neanche guardare come sia e quanto sia lungo, solo per darti un idea generale)