| Autore |
Discussione |
|
|
Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
 Inserito il - 29 novembre 2009 : 08:32:27
|
Ciao a tutti!
sto cercando un file pdb per la tau-micrutubulin, preferibilmente homo-sapiens. Ho cercato ovviamente in
http://www.rcsb.org
mi sembra che solo la 3FQP mi dia la tau non inserita in altre strutture
(che è quello che serve a me!). Il problema però è che, almeno credo essendo nuova del settore, la 3FQP non è la tau completa, ma solo una parte.
Potete indicarmi come faccio ad avere il pdb della proteina tau?
C'è qualche altro sito per cercare file pdb?
Grazie,
Anna
|
|
|
|
|
Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 29 novembre 2009 : 08:48:14
|
ho dimenticato di dirvi che ho trovato la sequenza della tau
che vi riporto sotto, ma che per me è indecifrabile!!!!
Da quanto c'è sotto sembra che il la tau dovrei trivare 758 amminoacidi, o no?
nella 3FPQ trovata in www.pdb.org il numero di atomi è completamente diverso. Vorrei quindi il pdb completo.
E' possibile? come posso fare?
Ancora grazie!
ID TAU_HUMAN Reviewed; 758 AA.
.
.
SQ SEQUENCE 758 AA; 78878 MW; ED2ADF89E1C4E445 CRC64;
MAEPRQEFEV MEDHAGTYGL GDRKDQGGYT MHQDQEGDTD AGLKESPLQT PTEDGSEEPG
SETSDAKSTP TAEDVTAPLV DEGAPGKQAA AQPHTEIPEG TTAEEAGIGD TPSLEDEAAG
HVTQEPESGK VVQEGFLREP GPPGLSHQLM SGMPGAPLLP EGPREATRQP SGTGPEDTEG
GRHAPELLKH QLLGDLHQEG PPLKGAGGKE RPGSKEEVDE DRDVDESSPQ DSPPSKASPA
QDGRPPQTAA REATSIPGFP AEGAIPLPVD FLSKVSTEIP ASEPDGPSVG RAKGQDAPLE
FTFHVEITPN VQKEQAHSEE HLGRAAFPGA PGEGPEARGP SLGEDTKEAD LPEPSEKQPA
AAPRGKPVSR VPQLKARMVS KSKDGTGSDD KKAKTSTRSS AKTLKNRPCL SPKLPTPGSS
DPLIQPSSPA VCPEPPSSPK HVSSVTSRTG SSGAKEMKLK GADGKTKIAT PRGAAPPGQK
GQANATRIPA KTPPAPKTPP SSGEPPKSGD RSGYSSPGSP GTPGSRSRTP SLPTPPTREP
KKVAVVRTPP KSPSSAKSRL QTAPVPMPDL KNVKSKIGST ENLKHQPGGG KVQIINKKLD
LSNVQSKCGS KDNIKHVPGG GSVQIVYKPV DLSKVTSKCG SLGNIHHKPG GGQVEVKSEK
LDFKDRVQSK IGSLDNITHV PGGGNKKIET HKLTFRENAK AKTDHGAEIV YKSPVVSGDT
SPRHLSNVSS TGSIDMVDSP QLATLADEVS ASLAKQGL
//
|
 |
|
|
domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
|
|
Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 29 novembre 2009 : 12:31:13
|
Grazie!
sto provando su http://modbase.compbio.ucsf.edu/modbase-cgi/index.cgi.
In:
Search by properties
Property (--> scelgo opzione) Template PDB code e poi inserisco Tau
avvio la ricerca
ma non capisco cosa devo fare dopo.
Hai suggerimenti?
Grazie!!!!!!!!!
|
|
|
|
chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 29 novembre 2009 : 15:10:30
|
Citazione:
Da quanto c'è sotto sembra che il la tau dovrei trivare 758 amminoacidi, o no?
nella 3FPQ trovata in www.pdb.org il numero di atomi è completamente diverso
Nota che il numero di atomi non sarà mai uguale al numero di aminoacidi!!!
Comunque quello che hai trovato tu è solo un piccolo peptide:
> Structure of an amyloid forming peptide VQIVYK from the human tau protein (alternate polymorph) <
Come vedi dal titolo è infatti solo l'esapeptide VQIVYK
Anche entries tipo 1I8H in cui hai tau complessata con il dominio WW di Pin1 (nota che questa è una struttura NMR non X-ray) non riportano tutta Tau ma solo una piccola parte come leggi nel campo molecular description: "(RESIDUES 541-553)"
Quindi anche qui hai solo una dozzina di residui.
E' molto probabile quindi che non sia stata generata la struttura 3D.
Qui trovi uno studio di diffrazione ai raggi X su tau
http://www.pnas.org/content/100/15/9034.full |
Sei un nuovo arrivato?
Leggi il regolamento del forum e presentati qui
My photo portfolio (now on G+!) |
|
|
|
RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 29 novembre 2009 : 16:22:23
|
ciao,
altrimenti potresti provare a fare una ricerca in blast mettendo pdb come banca dati, al massimo trovi la struttura omologa di un organismo che non è homo.
|
|
|
|
Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 29 novembre 2009 : 16:51:34
|
| potrebbe essere una soluzione, ma come si fa la ricerca in blast? |
|
|
|
RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 29 novembre 2009 : 18:49:39
|
semplicemente vai su blast e metti nel campo in cui te lo chiede la tua sequenza aminoacidica, poi nel campo banca dati selezioni pdb.
Ti verranno fuori come risultato le strutture depositate in pdb che hanno una sequenza omologa alla tua (in teoria).
|
|
|
|
Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2009 : 08:32:31
|
passo passo:
Home page.
ModBase search form
scelgo --> Sequence similarity Blast.
si apre la pagina in cui posso inserire:
Input Protein sequence --> inserisco la squenza
E fin qui è tutto semplice!!!!
Search avvia la ricerca. Posso scegleire con quale percentuale di similitudine la voglio, es 90%.
----A questo punto non so più che fare.----
Ho la mia sequenza in riquadro rosa
le informazione di input:
Sequenze identity
E-value (che non so cosa vuol dire...)
sequenza.
Sotto:
Perform Action on Selected Model(s)
Check all Uncheck All
E non ho nulla altro.
Se provo a fare in
Perform Action on Selected Model(s) --> Coordinate File (n)
Search
mi va in pagine con
Please select a sequence/model first (Click Checkbox)
ma cosa devo selezionare?
|
|
|
|
Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2009 : 08:56:14
|
ho provato prima ad inserire la mia sequenza.
Poi ho provato con una squenza semplice (per fare prova):
ho inserito: ALA ASP MET GLU VAL ILE GLU LEU ASN LYS CYS THR SER
poi ho provato: A D M E V I E L N K C T S
ma mi da sempre lo stesso risultato, cioè la mia squenza nel riquadro rosa e sotto nulla.
che devo fare?
grazie!!!!!!!!! |
|
|
|
RNA world
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2009 : 13:11:53
|
ciao
dammi la tua sequenza che ti faccio vedere come si fa.
Se non ho capito male vuoi fare una ricerca in pdb tramite blast no?
|
|
|
|
Foloberna
Nuovo Arrivato
19 Messaggi |
Inserito il - 01 dicembre 2009 : 15:07:04
|
Grazie!!!!!!!!!
si, a me servirebbe il pdb della proteina tau. Però siccome non riesco a trovare la tau nel protein data bank (l'ho cercata tantissimo ma ho trovato solo un file in cui ci sono solo 6 amminoacidi della catena ed un file in cui ce ne sono 13, ma non ho trovato un pdb che la contenga tutta) allora ho pensato (in realtà mi hanno suggerito) di fare ricerca con blast.
Ti ringrazio tantissimo!!!!!!!
La sequenza è questa:
MAEPRQEFEVMEDHAGTYGLGDRKDQGGYTMHQDQEGDTDAGLKESPLQTPTEDGSEEPG
SETSDAKSTPTAEDVTAPLVDEGAPGKQAAAQPHTEIPEGTTAEEAGIGDTPSLEDEAAG
HVTQEPESGKVVQEGFLREPGPPGLSHQLMSGMPGAPLLPEGPREATRQPSGTGPEDTEG
GRHAPELLKHQLLGDLHQEGPPLKGAGGKERPGSKEEVDEDRDVDESSPQDSPPSKASPA
QDGRPPQTAAREATSIPGFPAEGAIPLPVDFLSKVSTEIPASEPDGPSVGRAKGQDAPLE
FTFHVEITPNVQKEQAHSEEHLGRAAFPGAPGEGPEARGPSLGEDTKEADLPEPSEKQPA
AAPRGKPVSRVPQLKARMVSKSKDGTGSDDKKAKTSTRSSAKTLKNRPCLSPKLPTPGSS
DPLIQPSSPAVCPEPPSSPKHVSSVTSRTGSSGAKEMKLKGADGKTKIATPRGAAPPGQK
GQANATRIPAKTPPAPKTPPSSGEPPKSGDRSGYSSPGSPGTPGSRSRTPSLPTPPTREP
KKVAVVRTPPKSPSSAKSRLQTAPVPMPDLKNVKSKIGSTENLKHQPGGGKVQIINKKLD
LSNVQSKCGSKDNIKHVPGGGSVQIVYKPVDLSKVTSKCGSLGNIHHKPGGGQVEVKSEK
LDFKDRVQSKIGSLDNITHVPGGGNKKIETHKLTFRENAKAKTDHGAEIVYKSPVVSGDT
SPRHLSNVSSTGSIDMVDSPQLATLADEVSASLAKQGL |
|
|
| |
Discussione |
|
ricerca pdb
Guide tools online
