clonaggio del promotore

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emi24
Nuovo Arrivato

40 Messaggi

Inserito il - 15 dicembre 2009 : 00:42:50

ciao a tutti !
vi chiedo un confronto...
se nel promotore di un gene sono stati individuati 3 SNPs diversi presenti nei soggetti in studio o singolarmente o a due a due e inizialmente si procede amplificando e clonando in opportuni vettori regioni singole contenenti ciascuna un polimorfismo, perche' quando si vuole valutare l'influenza di un polimorfismo sull'altro contemporaneamente conviene clonare tutto il promotore e magari non amplificare una regione ( che verra' sucessivamente clonata ) contenente entrambi i polimorfismi?

vi ringrazio.

Dionysos
Moderatore

Citt�: Heidelberg

1913 Messaggi

Inserito il - 15 dicembre 2009 : 10:24:10

Non so se ho capito l'impostazione (sintattica!) della domanda
ma credo che prima di tutto bisogni validare un saggio di attivit�
luciferasica (o di altro reporter) a partire da un vettore in cui
sia stato clonato tutto il promotore.

Dopodich� puoi provare a inserire gli SNP, magari per mutagenesi,
e quindi valutare i cambiamenti nella sua attivit� (se � questo
ci� che ti interessa!)

Volere libera : questa � la vera dottrina della volont� e della libert�
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!

emi24
Nuovo Arrivato

40 Messaggi

Inserito il - 15 dicembre 2009 : 13:15:35

per prima cosa...grazie per la risposta

poi...quanto alla domanda...si e' partiti conducendo saggi luciferasi per regioni del promotore contenenti singoli polimorfismi che pertanto sono state prima amplificate e poi clonate in un vettore reporter.

sucessivamente si � parlato di estendere lo studio all'intero promotore sempre mediante saggi luciferasi.

In base a quello che mi dici, deduco che forse andava valutata prima l'espressione del reporter con saggi luciferasi del promotore wt e sucessivamnete mutagenizzare per gli SNPs trovati e studiare l'asressione della luciferasi considerando o un solo polimorfismo, o 2 polimorfismi contemporaneamente o tutti i 3 polimorfismi contemporaneamente. Mi sembra di capire che forse anche lo studio sui polimorfismi andava fatto sull'intero promotore e non su singole regioni del promotore che contenevano il polimorfismo.

Mi chiedo, qundi, qual'e' il vantaggio di clonare un intero promotore con un polimorfismo rispetto alla possibilit� di clonare una regione del promotore con lo stesso polimorfismo se gia' di per se il clonaggio nn e' facile e sicuramente con l'intero promotore sara' piu' difficile?

A tuo parere...dato che disponevamo del DNA di questi soggetti con i polimorfismi singoli o in associazione ( ad es. sia con il polimorfismo uno che con il polimorfismo due) potevamo evitare la mutagenizzazione e procedere clonando direttamente o le singole regioni contenenti il polimorfismo
( come � stato fatto) o l'intero promotore contenete o un singolo polimorfismo o piu' di uno ( cosa che non � stata fatta) ?

ti ringrazio..