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Discussione |
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Tommasina
Nuovo Arrivato
29 Messaggi |
 Inserito il - 07 gennaio 2010 : 16:40:39
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Perchè si usano BASI modificate nelle sonde a volte?
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2010 : 16:56:22
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| La risposta più ovvia che mi viene...Per marcarle? |
 
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Tommasina
Nuovo Arrivato
29 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2010 : 17:08:15
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| Non è detto, perchè la marcatura per esempio di una Taq man riguarda il nucleotide 3' e quello 5', mentre nucleotidi modificati si trovano anche all'interno della sequenza. Credo che abbia a che fare con le possibili mutazioni del gene bersaglio. |
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Schuldiner86
Utente Junior
Prov.: Viterbo
Città: Bologna
581 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2010 : 18:00:18
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| Ma che intendi per nucleotidi modificati? A che modificazioni ti riferisci? Dello zucchero, delle basi, del backbone? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2010 : 18:10:50
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Scusa Tommasina, ma forse dovresti essere più precisa e dire a cosa ti riferisci.
Esistono tantissime modificazioni per le motivazioni più svariate, oltre agli esempi fatti ci sono le sonde LNA che sono più stabili e hanno temperature di melting più elevate.
Avevo un bell'articolo sulle modificazioni delle sonde, ma lo dovrei ricercare. |
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Tommasina
Nuovo Arrivato
29 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2010 : 18:41:59
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magari avere una sorta di review sui metodi e marcatura delle sonde, ma trovo solo cose spezzettate. Non mi spiego bene perchè non conosco bene le sonde, ma mi trovo a doverle studiare... Ho visto che per esempio in una sequenza di una sonda leggo per esempio:GTG RGC TGG Questo R sarebbe un nucleotide modificato, ma non so questa modificazione dove risiede esattamente, se nella base o dove....oppure ne ho un'altra dove c'è un quencer interno e non al 3'
Riguardo alle sonde LNA dovrei fare anche quelle, ma non trovo niente di comprensibile
Potresti aiutarmi GFPina???
Grazie mille |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 07 gennaio 2010 : 19:42:44
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R è semplicemente una base "degenerata" significa "Purina" e sta per A o G, cioè puoi avere in quella posizione sia una A che una G. I codici per le basi degenerate li trovi ad es. qui: http://www.cortec.ca/iubcodes.htm
I più comuni comunque sono:
- R (puRine): A o G
- Y (pirimidine - pYrimidines): C o T
Per le sonde LNA sul sito di Exiquon trovi una marea di spiegazioni di cosa sono e come funzionano, avevo un po' di materiale ma a causa di un trasloco in questi giorni ho tutto sottosopra.
Se riesco ti cerco alcuni link. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
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