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GuidoRoma
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1 Messaggi

Inserito il - 26 gennaio 2010 : 16:07:39

Ciao a tutti
� il mio primo post sul forum.
Sono abbastanza niubbo in analisi dati microarray(affymetrix nel mio caso)
Mi ritrovo ad analizzare un esperimento (2 condizioni 3 MA per condizione)
Ho tirato fuori la mia lista di geni differenzialmente espressi in base al Fold change ognuno con un raw p-value ed un q-value.
I miei q-value non sono mai pi� bassi di 0,1. Da quello che ho capito il q-value � il minimo FDR per cui un gene � differenzialmente espresso nelle mie due condizioni, quindi dovrei selezionare una soglia sotto la quale selezionare i miei geni statisticamente validi. Ma questa soglia � convenzionalmente fissa (0.05,0.01 per esempio) come per i p-value normali) o dipende dal numero di campioni che sto analizzando? Mi sembra di aver capito che il q-value si calcola in base ad un test di permutazioni quindi immagino ci sar� un limite derivante dal numero di elementi che permuto....
qualche idea?
Scusate se magari il post � un po confuso
boh