allora il problema è il seguente: ho un unico campione di cDNA cellulare in cui sn presenti almeno 2 isoforme di un messaggero,io vorrei individuarle,ma come faccio, conosco tutto il gene e la sua sequenza. si possono individuare le vare isoforme in uno stesso campione? se amplifico con primer diversi ottengo più bande,ma nn credo che basti(o che sia la giusta strada) per risalire alle isoforme presenti. cosa dite?
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!" Salvador.Dalì
Si la strada potrebbe anche essere giusta, ma dipende molto! Bisogna sapere come sono le isoforme. Ad esempio poniamo un caso semplice in cui il gene ha 4 esoni e hai queste 2 isoforme: - isoforma A: ex1-ex2-ex4 - isoforma B: ex1-ex3-ex4
ad es puoi fare una PCR con un primer sull'ex1 e uno sull'ex4 che amplifica entrambe le isoforme (questa ti fa discriminare solo nel caso in cui le due isoforme abbiano una diversa lunghezza) una PCR solo sull'ex2 darà una banda solo se è presente l'isoforma A una PCR solo sull'ex3 darà una banda solo se è presente l'isoforma B (in questi casi devi essere sicuro di partire solo da RNA e non avere DNA genomico, altrimenti dovresti fare una PCR con primers localizzati alle giunzioni esone-esone, ma il discorso è analogo)
Questo è solo un esempio, come ti dicevo prima dipende da come sono le isoforme. In alcuni casi una discriminazione in questo modo può risultare difficile, se non anche impossibile.