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bububebč
Utente Junior

shampoo
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Cittŕ: Napoli


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Inserito il - 04 febbraio 2010 : 20:17:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bububebč Invia a bububebč un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve ragazzi, ho dei problemi nel capire l'algoritmo di N-W... Allora vi spiego quello che non mi č chiaro:
Sono arrivata tranquillamente alla parte in cui, all'interno di una matrice a punti, sostituisco il num 1 all *, ed il num 0 laddove non c'č identitŕ. A questo punto posso considerare ciascuna casella come il punto di partenza per generare un rettangolo che si estende fino al margine inferiore della matrice; di conseguenza possiamo considerare ottimali tutti gli allineamenti che attraversano l'interno di questo rettangolo. Nell algoritmo di N-W non ho capito cm si assegnano i punteggi.. cioč tipo mi trovo anche num > di 1 e non ho capito da cosa sono stati scaturiti, e come viene ritrovato ogni rettangolo! Qua dice che basta trovare il valore piů alto all interno del rettangolo e sommarlo al valore della casella in esame... ????? Mi aiutate per favore? GRAZIE MILLEEE!!

★°•. єѕтяєℓℓα .•°★

domi84
Moderatore

Smile3D

Cittŕ: Glasgow


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Inserito il - 05 febbraio 2010 : 12:41:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao bububebč!
L'argomento č stato trattato diverse volte, in particolare credo che la soluzione al tuo dubbio sia qui:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=11392&SearchTerms=NEEDLEMAN
Usare 1 e 0 credo sia un esempio con una matrice di identitŕ. Le matrici di sostituzioni invece (num > 1) indicano similitŕ fra gli aa.
Spero sia chiaro. Ciao!!!

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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bububebč
Utente Junior

shampoo

Prov.: Na
Cittŕ: Napoli


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Inserito il - 06 febbraio 2010 : 10:06:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bububebč Invia a bububebč un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie domi per la risposta!! Spero di capirci qualcosa nella discussione che hai postato... male che vada, ti faccio sapere, ok?
Grazie mille!

★°•. єѕтяєℓℓα .•°★
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domi84
Moderatore

Smile3D

Cittŕ: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2010 : 10:14:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Certamente!!!

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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bububebč
Utente Junior

shampoo

Prov.: Na
Cittŕ: Napoli


255 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2010 : 13:07:08  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bububebč Invia a bububebč un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Allora ho capito la differenza tra allineamento globale e locale. Ora ti chiedo:
L algoritmo di N-W č un algoritmo dinamico che ricerca allineamenti globali. Il mio prof perň sostiene che esistono 2 approcci circa questo metodo:

1) in ogni casella il n° č sostituito da valori che corrispondono al punteggio del miglior path, tra quelli che, proseguendo fino alla fine della matrice, si concludono sul margine destro o inferiore. I path possibili, sono solo quelli che si realizzano all' interno del rettangolo posto in basso a dx dalla casella stessa; basta trovare nel rettangolo il valore piů alto e sommarlo al valore della casella in esame, partendo dall angolo in basso a dx per arrivare a quello in alto a sx;

2) qualsiasi percorso valido deve mentenere tendenzialmente una direzione che va dall angolo in alto a sx a quello in basso a dx. Nonosante il fatto che 1 casella sia circondata da 8 caselle, un percorso valido ne potŕ seguire solo 3,cioč lungo la riga, lungo la colonna e lungo la diagonale rispetto ad un adata casella, le altre 5 non sono consentite perchč corrispondono a un ripiegamento di allineamento privo di senso. Conoscendo il valore delle 3 possibili caselle a monte di 1 posizione,č possibile calcolare da quale delle 3 sia piů vantaggioso far provenire il percorso.Ad ogni casella si conoscerŕ sempre il punteggio delle altre contigue da cui si puň provenire e si considera per ogni casella il punteggio totalizzato fino a quel punto.E' importante ricordare che quando il percorso si sposta in verticale o in orizzontale nn si dovrŕ calocolare solo il pagamento della penalitŕ per l introduzione del gap, ma anche assicurare che sarŕ considerato un solo valore di appaiamento, quello maggiore. Si cerca poi la casella col punteggio max e si procede a ritroso per delineare gli appaiamenti.

Volevo sapere, č giusto tutto questo?? Sorry se il messaggio č troppo lungo... ti ringarzio tanto se mi aiuti!

★°•. єѕтяєℓℓα .•°★
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bububebč
Utente Junior

shampoo

Prov.: Na
Cittŕ: Napoli


255 Messaggi

Inserito il - 06 febbraio 2010 : 13:18:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bububebč Invia a bububebč un Messaggio Privato  Rispondi Quotando

Allegato: allineamento.doc
207,28 KB


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