Forum

Nome Utente:
Password:
Riconoscimi automaticamente
 Tutti i Forum
 Laboratorio
 Bioinformatica e Biostatistica
 EST e E-VALUE....?
 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'è:

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto è utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

pantheater
Nuovo Arrivato




38 Messaggi

Inserito il - 19 giugno 2006 : 15:53:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di pantheater Invia a pantheater un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti. Sono uno studentessa di Biotecnologie. Sto preparando l'esame di bioinformatica ma, a un giorno dall'esame, ho trovato due domande su cui sono incerta... Se qualcuno potesse suggerirmi la risposta ne sarei immensamente felice.

Le domande sono:
1) Le collezioni di EST
a) sono utili alla determinazione di strutture secondarie;
b) rappresentano sequenze espresse;
c) sono database secondari;
d) sono importanti per l'allineamento di proteine.

2) Il valore di E - VALUE calcolato da BLAST rappresenta
a) la probabilità che l'allineamento generato sia casuale;
b) la probabilità che l'allineamento generato non sia casuale;
c) la percentuale di identità dell'allineamento;
d) il rapporto tra lo score e la percentuale d'identità
dell'allineamento.

Grazie in anticipo.

The way your heart sounds makes all the difference. It's what decides if you'll endure the pain that we all feel. The way your heart beats makes all the difference in learning to live.

pantheater
Nuovo Arrivato




38 Messaggi

Inserito il - 19 giugno 2006 : 16:09:23  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di pantheater Invia a pantheater un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Scusate tanto, ma ho un altro dubbio:

Il dendrogramma generato da CLUSTALW
1) può essere utilizzato per generare un albero in forma grafica
2) fornisce un indice della qualità dell'allineamento
3) è un file in formato grafico contenente l'allineamento

Ri - grazie

The way your heart sounds makes all the difference. It's what decides if you'll endure the pain that we all feel. The way your heart beats makes all the difference in learning to live.
Torna all'inizio della Pagina

bluevil
Nuovo Arrivato




17 Messaggi

Inserito il - 19 giugno 2006 : 21:48:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bluevil Invia a bluevil un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao,

EST sta per Expressed Sequence Tags quindi la risposta alla prima domanda dovrebbe essere la b
per la seconda ti riporto direttamente dal sito di blast:


"The E value for an alignment score "S" represents the number of hits with a score equal to or better than "S" that would be "expected" by chance (the background noise) when searching a database of a particular size."


per la terza sono un pò più incerto ... la prima è sicuramente vera, ma per sicurezza ti riporto la nota ufficiale (magari ho inteso male!)


If you have already loaded sequences, use menu item 1 to do the complete
multiple alignment. You will be prompted for 2 output files: 1 for the
alignment itself; another to store a dendrogram that describes the similarity
of the sequences to each other.

Multiple alignments are carried out in 3 stages (automatically done from menu
item 1 ...Do complete multiple alignments now):

1) all sequences are compared to each other (pairwise alignments);

2) a dendrogram (like a phylogenetic tree) is constructed, describing the
approximate groupings of the sequences by similarity (stored in a file).

3) the final multiple alignment is carried out, using the dendrogram as a guide.


ciao ed in bocca al lupo per l'esame!
Torna all'inizio della Pagina

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2006 : 11:08:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Benvenuti a tutti e due,
penso sia b-a-a.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

pantheater
Nuovo Arrivato




38 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2006 : 16:05:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di pantheater Invia a pantheater un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie ad entrambi, ho fatto lo scritto ed i vostri consigli mi sono stati utilissimi! A giorni, però, avrò l'orale ed ho ancora qualche dubbio su BLAST....
Ad esempio....nell'output di BLAST cosa rappresentano le sequenze con lo stesso score? E le equenze che hanno lo stesso score possono avere lo stesso E-VALUE?
Ragazzi, mi state salvando la vita!!!

The way your heart sounds makes all the difference. It's what decides if you'll endure the pain that we all feel. The way your heart beats makes all the difference in learning to live.
Torna all'inizio della Pagina

genoveffa
Nuovo Arrivato


Prov.: Avellino


25 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2006 : 17:12:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di genoveffa Invia a genoveffa un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
secondo me la riposta esatta della seconda domanda è la b.
perchè e-value è un parametro che indica qual è la probabilità che un match trovato non sia dovuto al caso

(dallolio corregimi se sbaglio visto che tu sei il guru della bioinformatica)
Torna all'inizio della Pagina

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2006 : 12:27:11  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Io penso che sia il primo ;) anche perche' se ci fai caso, i migliori allineamenti sono quelli che hanno un E-value estremamente piccolo (minore di 10^-3 in genere).
Credo che la migliore definizione sia che l'e-value rappresenti la prob. che il risultato sia un falso positivo. ciao!! ;)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto è utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-18 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina