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terreno85
Utente Junior
235 Messaggi |
 Inserito il - 15 febbraio 2010 : 18:34:54
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La funzione e la confomazione di una proteina non puo essere predetta solo conoscendo la struttura primaria.
la mia risposta a rigurdo potrebbe essere quella che la proteina va incontro a modificazione post-traduzionale che varia sia la sua confomrazione altresi la sua funzione. secondo voi??
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Una teoria può esserre provata da un esperimento. Ma nessun percorso guida dall'esperimento alla nascita di una teoria |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 15 febbraio 2010 : 19:58:59
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certamente no, hai preso un caso limite
Le possibili ragioni sono molte, te ne elenco alcune tra le più importanti
1) ci sono delle chaperonine che servono per ripiegare la proteina e che possono favorire determinati ripiegamenti rispetto ad altre. Il riconoscimento di queste proteine è tridimensionale, non legato alla semplice sequenza primaria, quindi difficile da prevedere
2) le possibili strutture che possono avere le proteine sono troppe per poter calcolarle tramite calcoli computazionali con un'approssimazione accettabile, almeno per ora. In genere per proteine >20 amminoacidi servono dei dati sperimentali per aiutarsi a fare calcoli predittivi che abbiano senso.
3) difficile capire il ripiegamento tridimensionale di una sequenza aminoacidica che abbia la massima stabilità, sarebbero molteplici le interazione tra i gruppi funzionali degli aminoacidi per valutarle tutte ed in tutte le combinazioni.
4) La proteina in soluzione si muove continuamente, per cui si dovrebbe fare una specie di media tra una infinità di conformazioni attraverso cui la proteina dovrebbe effettivamente passare. Sarebbe già difficile calcolarne una figuriamoci migliaia
5) ci sono diverse proteine di ancoraggio, di interazione etc, che possono cambiare sia la struttura conformazionale della proteina, sia modificarla in maniera post-traduzionale (es fosforilazione, taglio proteolitico), sia stabilizzare determinate strutture (es fattori trascrizionali) in maniera permanente o quasi.
6) a volte le proteine possono interagire o integrarsi in membrana e questo è un altro fenomeno che può determinare direttamente/indirettamente la scelta di una particolare conformazione rispetto ad altre.
7) La stessa sequenza aminoacidica, ripiegata in organismi diversi, condizioni diverse, soluzioni diverse si possono ripiegare in altrettanti modi diversi... difficile valutare quali condizioni possono essere più o meno importanti, ancora più difficile è valutarle tutte per la predizione.
etc
N.B.: esistono tuttavia delle eccezioni, dalla sequenza primaria, per omologia di sequenza è possibile individuare dei domini, il cui ripiegamento è grossolanamente noto.
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chim2
Utente Attivo
2110 Messaggi |
Inserito il - 16 febbraio 2010 : 00:34:55
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| la funzione no!sulle conformazioni su sistemi semplici e gassosi si calcoli MD misti a quelli quantistici danno una previsione considerando :il potenziale di streaching,bending e altri..ovviamente è necessario conoscere la struttura e la sequenza e la frequenza di vibrazione e i moti rotazionali quindi devi specificare in che sistema vuoi saperlo...su questo lavorano fisici e chimici teorica tra i più esperti al mondo (dopo le basi grazie a Pauiling)per avvicinarsi al sistema biologico reale |
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 16 febbraio 2010 : 09:58:07
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Citazione:
Messaggio inserito da terreno85
La funzione e la confomazione di una proteina non puo essere predetta solo conoscendo la struttura primaria.
 'nsomma diciamo che le predizioni ab-initio di questo genere sono ancora lavori pionieristici per nulla banali. A riguardo guarda la pagina di Rosetta pubblicata su MolecularLab, oppure guarda i servizi che hanno messo in piedi con Robetta |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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chim2
Utente Attivo
2110 Messaggi |
Inserito il - 16 febbraio 2010 : 10:58:18
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| solo calcoli ab inbitio sulle proteine non lo si fa neanche in un mese ed è anche impensabile, lo so ho detto che ci stanno lavorando ma ci sono dei buoni abbozzi in sistemi in fase gassosa!! |
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