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grely21
Nuovo Arrivato

70 Messaggi

Inserito il - 03 marzo 2010 : 01:23:47

Ciao a tutti.Vorrei un aiuto su una cosa che non capisco.In blast quando bisogna scegliere il database ce ne sono di vari tipi(non redundant, swissprot...).Qual'� la differenza?In base a cosa devoscegliere se usare l'uno l'altro?per es. ho una sequenza ,la incollo e poi??Per favore, � una sciocchezza ma non capisco come fare...

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 03 marzo 2010 : 09:12:09

Dipende da quello che cerchi. Se cerchi un allineamento per delle strutture 3D allora userai un database dove sono contenute solo sequenze di proteine di cui � nota la struttura 3D.
Qui sono spiegati i vari database e le differenze:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/blastcgihelp.shtml#protein_databases

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

grely21
Nuovo Arrivato

70 Messaggi

Inserito il - 03 marzo 2010 : 12:19:17

si, ho letto...grazie mille...per� il mio esercizio dice di individuare con blast la proteina la cui sequenza � massimamente simile alla sequenza predetta da genscan(nel punto precedente ) e di scaricarmela in formato FASTA.Mi aiuteresti a capire questo punto?In questo caso quale database va usato e perch�?

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 03 marzo 2010 : 16:12:52

B�...diamo un occhio assieme...
Peptide Sequence Databases
* nr
All non-redundant GenBank CDS translations + RefSeq Proteins + PDB + SwissProt + PIR + PRF
Qui ci sono le proteine delle maggiori banche dati

* refseq
RefSeq protein sequences from NCBI's Reference Sequence Project.
Qui solo quelle di refseq, che sono incluse anche nel precedente

* swissprot
Last major release of the SWISS-PROT protein sequence database (no updates).
Qui solo swissprot, che sono incluse anche nel precedente

* pat
Proteins from the Patent division of GenPept.
mmm...onestamente non so cosa sia

* pdb
Sequences derived from the 3-dimensional structure from Brookhaven Protein Data Bank.
al solito...solo pdb

* month
All new or revised GenBank CDS translation+PDB+SwissProt+PIR+PRF released in the last 30 days.
solo le ultime degli ultimi 30 giorni

* env_nr
Protein sequences from environmental samples.
campioni ambientali(!?)

Visto che non sai che proteina � io userei il primo, in quanto pi� ampio

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

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