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annadtm
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4 Messaggi |
 Inserito il - 09 marzo 2010 : 23:00:11
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Salve a tutti, devo fare un test statistico usando questi tipi di dati che rigurdano l'uso di cellule staminali per curare la sclerosi multipla in esperimenti con topi osservando vari parametri:
MACROFAGI/mm2_____Controllo_______Individui Trattati
Giorno10_____________4,79-6__________3,5-4,8
Giorno13_____________40,2-8,5________34,16-5,8
Giorno20_____________240-32,9________190-19.8
Giorno50_____________179,44-15,9_____106,04-22,5
Quale test posso usare per verificare che il trattamento ha avuto risultati significativi?
E se oltre alla variabile"MACROFAGI" ci sono altre osservazioni?
Grazie!
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chick80
Moderatore
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11491 Messaggi |
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annadtm
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 10 marzo 2010 : 19:46:46
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Scusami, hai ragione non si capisce quello che ho scritto. Ho messo in allegato una tabella che riguarda i risultati clinici su cavie trattate con cellule staminali. C'è da una parte gli individui trattati e dall'altra il controllo e vengono presi in analisi diversi parametri (macrifagi; cellule T; ecc). Vorrei sapere quale test usare per valutare se il trattamento ha avuto successo.
Grazie. Ciao.
Allegato:  trattamento cellule staminali.doc
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2010 : 21:01:30
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Dipende un po' dalla situazione.
Se è lo stesso animale che viene seguito a più tempi potresti usare un'ANOVA a misure ripetute. Altrimenti un ANOVA a 2 vie potrebbe essere OK. Nota che non puoi fare alcun test statistico con i dati che hai in quella tabella, hai bisogno dei dati grezzi.
Ricorda che ci sono determinati prerequisiti per poter fare l'ANOVA, ad es. che i residui siano distribuiti normalmente e che le varianze siano omogenee (ovvero comparabili, situazione chiamata omoschedasticità). Dalla tabella che hai messo non si può sapere se questo è il caso. Avendo i dati grezzi si può fare ad es. un test di Dunnet per testare la normalità e il test di Levene o di Breusch-Pagan per testare l'omoschedasticità.
L'altra opzione è quella di usare un modello ad effetti misti, ad es. il pacchetto nlme di R permette di testare dati longitudinali con modelli lineari e non lineari. Non sono un esperto sui modelli ad effetti misti sorry, ma se qualcuno (TMax ci sei???) potesse dare una spiegazione chiara a riguardo mi accodo anche io alla richiesta! |
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2010 : 21:01:47
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Ciao,
la tabella che hai preso deriva da questo articolo:
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2522282/
Alla fine, prima della bibliografia, dicono come hanno fatto:
Citazione:
Statistical analysis: Clinical evaluations of EAE mice and
quantification of the pathological features were performed by
examiner, blinded to the experimental group. The results are
presented as mean6SD. For comparison of clinical and
pathological parameters between experimental and control
groups, student’s t-test was used. For analysis of the relationship
between the inflammatory process and the tissue damage,
regression analysis was used.
Non ho letto bene l'articolo ma spero per loro che abbiano riflettuto prima di fare un t test su misure ripetute.. |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 10 marzo 2010 : 23:19:35
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asp guardando la tabella del lavoro vedo che ci sono i p value sulle righe, quelli dovrebbero esser le stime della differenza tra media del controllo e del trattao, in questo caso il t test va bene.
Tu volevi fare una cosa ulteriore se non ho capito male, volevi vedere se l'effetto del trattamento era significativo.
Qui la cosa si complica perchè sono misure ripetute, cercati un po' di info sulla "repeated measures analysis of variance". |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 11 marzo 2010 : 09:43:10
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Citazione:
Messaggio inserito da chick80
Beh, ma non ha molto senso confrontare controlli e trattati senza considerare i diversi tempi...
penso anch'io, ma guardando la tabella (senza aver letto l'articolo) mi sa che han fatto così.
Capisco cmq l'intenzione di annadtm di voler fare una verifica più sensata. |
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annadtm
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 11 marzo 2010 : 11:17:45
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...e se io volessi valutare la significatività del test solo a 50 giorni dal trattamento? Scusate la mia ignoranza in materia...ma devo fare una ricerca sull'argomento e inserire dei test statistici, oltretutto usando SPSS che non ho; proverò ad usare R.
Grazie ancora! |
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 11 marzo 2010 : 15:00:09
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non posso aiutarti perchè non ho mai lavorato su esperimenti simili.. di sicuro non puoi usare un normale t test perchè questo presuppone l'indipendenza delle variabili ed è ovvio che in questo caso sono dipendenti (il dato del 50esimo giorno è dipendente dal giorno 10).
Delle misure ripetute si è parlato qui:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=11867 |
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Glubus
Utente Junior
156 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2010 : 10:28:43
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Alcune riflessioni. Anche qui abbiamo a che fare con conteggi, cioè misure discrete e non negative. Immagino che il valore che segue ±
sia l'errore standard e ti faccio notare come 1) questo aumenti all'aumentare del valore medio e) se, mentalmente, fai gli i.c. al 95% attorno alla media, almeno al giorno 10, ottieni valori negativi.
Questi sono fenomeni attesi quando si lavora con conteggi e indicano che non è consigliabile ricorrere (almeno senza alcuna cautela) alla analisi della varianza classica, perchè si vedrebbero violati alcuni assunti fondamentali su omogeneità e normalità dei residui.
Nell'allegato (table 2, histopathological, ...) vedo comparire dei tests multipli effettuati ai vari tempi. Non si capisce se lo sperimentatore si sia in qualche modo cautelato contro l'inflazione dell'errore di 1° tipo connessa all'utilizzo di tests multipli ma, al di la di questo, è un modo di procedere a mio modo di vedere un po' datato e "liturgico".
Sarebbe poi interessante sapere qualcosa di più di questo esperimento: mi parebbe qui rilevante pure testare una ipotesi relativa alla interazione tempo*trattamento, dato che (ma è una mia congettura, non conoscendo l'esperimento) al giorno 10 parrebbe che i due gruppi siano nella stessa condizione e che la differenza fra le medie di gruppo cambi col tempo (le "curve" di regressione non sembrerebbero parallele, almeno su scala naturale).
Penso che l'utilizzo di un modello lineare (su dati trasformati?) o lineare generalizzato (di Poisson?) ad effetti misti ti permetterebbero anche di ottenere, oltre ad i "p" - che servono per lo più per pubblicare  - delle stime (dei coefficienti di regressione), assieme ad una misura dell aloro incertezza, che hanno una interpretazione in senso biologico della "grandezza" dell'effetto.
Anche qui ti consiglio di chiedere aiuto ad uno statistico.
Stefano
Citazione:
Messaggio inserito da annadtm
Salve a tutti, devo fare un test statistico usando questi tipi di dati che rigurdano l'uso di cellule staminali per curare la sclerosi multipla in esperimenti con topi osservando vari parametri:
MACROFAGI/mm2_____Controllo_______Individui Trattati
Giorno10_____________4,79-6__________3,5-4,8
Giorno13_____________40,2-8,5________34,16-5,8
Giorno20_____________240-32,9________190-19.8
Giorno50_____________179,44-15,9_____106,04-22,5
Quale test posso usare per verificare che il trattamento ha avuto risultati significativi?
E se oltre alla variabile"MACROFAGI" ci sono altre osservazioni?
Grazie!
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2010 : 10:35:29
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ecco... quello che avevo da dire l'ha scritto Glubus!
circa i modelli ad effetti misti si tratta di statistica avanzata e
per quanto sinteticamente si possa scrivere qui non sarebbe di grande utilità
ma è necessario ricorrere a chi lo fa di mestiere
oppure se si valuta che nel proprio lavoro la statistica sarà una componente rilevante varrà sicuramente la pena allora studiarsi queste metodiche.
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2010 : 11:12:17
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Si, come ti hanno detto purtroppo esperimenti come quello da te proposto sono diffusissimi ma la statistica per analizzarli(mixed models, ecc..) non è certamente alla portata di un biologo ("normale").
Aggiungo però che a mio avviso lavori che non riportano statistiche serie di questo tipo (e che non vengono "corrette" da persone altrettanto competenti) sarebbero da non pubblicare. |
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TMax
Utente Junior
Prov.: BG
Città: Capriate
270 Messaggi |
Inserito il - 15 marzo 2010 : 11:48:24
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bravo!!!!
purtroppo continuano a pubblicare!!
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