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green
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Inserito il - 10 marzo 2010 : 13:34:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di green Invia a green un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve ragazzi,volevo chiedervi un parere su una mutagenesi che dovrei fare e non sò se sarà possibile. Il mio vettore ha il suo tag al N-terminale (HA). Io volevo mutagenizzare l' ATG sia del tag che il primo ATG del cDNA perchè voglio che la traduzione cominci dall' ATG succesivo al primo nel cDNA.Ricordo però che tra la Shine - Dalgarno e il codone di inzio ci deve essere una spaziatura ottimale che è di pochi nucleotidi (8 bp). Che mi consigliate ?

Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 10 marzo 2010 : 13:37:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma devi esprimere in batteri o in eucarioti?

Non fai prima a levare di mezzo il frammento di restrizione
del tag , invece di star lì a fare due mutagenesi?

Forse non ho capito bene cosa vuoi fare.

Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)

Less Jim Morrison, more Sean Morrison!


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green
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5 Messaggi

Inserito il - 10 marzo 2010 : 14:13:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di green Invia a green un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Devo esprimere in eucarioti . Ma comunque se elimino il tag mi rimane sempre il primo atg del cDNA.
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 10 marzo 2010 : 14:56:24  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ma scusa a questo punto non ti conviene riclonare il frammento eliminando il Tag e inserendo il frammento dall'ATG che ti interessa?

N.B. la Shine-Dalgarno viene utilizzata nei procarioti.
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green
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5 Messaggi

Inserito il - 10 marzo 2010 : 15:53:02  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di green Invia a green un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi ritrovo già i primer di mutagenesi sia per il primo atg che per il secondo. In teoria quindi posso utilizzarli e il ribosoma censidererà il primo atg utile quindi il mio ? Scusatemi se sono poco chiara è il mio primo approccio ad un blog del genere . Grazie mille .
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Dionysos
Moderatore

D

Città: Heidelberg


1913 Messaggi

Inserito il - 10 marzo 2010 : 21:23:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Dionysos  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di Dionysos Invia a Dionysos un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Secondo me fai molto prima a partire dal costrutto senza tag,
come dice GFPina (a meno che tu non stia facendo appositamente
tutto ciò per poter avere la sequenza tag nella 5'UTR, per qualche
strano motivo). E' sufficiente mutagenizzare il primo ATG della tua
ORF e dovresti essere a posto. Per le questioni di spaziatura, devi
fare riferimento alla sequenza di Kozak (equivalente della Dalgarno
negli eucarioti, ma diversa per proprietà e composizione) che in ogni
caso comprende anche il tuo ATG, per cui dovrai necessariamente subire
la forza relativa del tuo codone di initiation e del suo immediato intorno.

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green
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5 Messaggi

Inserito il - 12 marzo 2010 : 11:59:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di green Invia a green un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie mille ragazzi
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