Salve ragazzi,volevo chiedervi un parere su una mutagenesi che dovrei fare e non sò se sarà possibile. Il mio vettore ha il suo tag al N-terminale (HA). Io volevo mutagenizzare l' ATG sia del tag che il primo ATG del cDNA perchè voglio che la traduzione cominci dall' ATG succesivo al primo nel cDNA.Ricordo però che tra la Shine - Dalgarno e il codone di inzio ci deve essere una spaziatura ottimale che è di pochi nucleotidi (8 bp). Che mi consigliate ?
Mi ritrovo già i primer di mutagenesi sia per il primo atg che per il secondo. In teoria quindi posso utilizzarli e il ribosoma censidererà il primo atg utile quindi il mio ? Scusatemi se sono poco chiara è il mio primo approccio ad un blog del genere . Grazie mille .
Secondo me fai molto prima a partire dal costrutto senza tag, come dice GFPina (a meno che tu non stia facendo appositamente tutto ciò per poter avere la sequenza tag nella 5'UTR, per qualche strano motivo). E' sufficiente mutagenizzare il primo ATG della tua ORF e dovresti essere a posto. Per le questioni di spaziatura, devi fare riferimento alla sequenza di Kozak (equivalente della Dalgarno negli eucarioti, ma diversa per proprietà e composizione) che in ogni caso comprende anche il tuo ATG, per cui dovrai necessariamente subire la forza relativa del tuo codone di initiation e del suo immediato intorno.
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà (F.W. Nietzsche)