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cin
Utente Junior

ptero
Prov.: Padova
Città: Padova


558 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2006 : 13:19:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cin Invia a cin un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Mi è capitato di confrontare la lettura di alcuni campioni di RNA fatta al Bioanalyzer dell'Agilent con quella fatta al Nano Drop e ci sono parecchie differenze,per alcuni campioni anche del doppio.Premetto che di differenze ce n'erano anche tra Agilent e spettrofotometro (ma non così accentuate),per questo fino ad ora abbiamo tenuto per buona la lettura fatta allo spettrofotometro come quantitativa, mentre usavamo l'Agilent solo per vedere la qualità dell'RNA. Vorremmo passare al Nano Drop, ma non siamo sicuri a questo punto della sua efficacia, vero è che si usa solo 1ul di campione e non c'è la rottura di scatole delle cuvette, ma chi lo utilizza ne è soddisfatto? Voi che metodi di quantificazione utilizzate? So di alcuni che usano un'intercalante dell'RNA.
Grazie

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2006 : 13:47:43  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Lo faccio cosi raramente che mi posso permettere di usare lo spettrofotometro...
Pero uso le cuvette usa e getta della Eppendorf (le UVettes)

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2006 : 15:27:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Anch'io uso lo spettofotometro e le "UVette", anche se ho notato che c'è una differenza di lettura tra una "UVetta" e l'altra quindi per ogni campione uso la stessa uvetta prima per il bianco e poi aggiungo il campione. Chick per caso è capitato anche a te?

Riguardo al Bioanalyzer una mia amica lo usa e si trova bene, il Nano Drop non lo conosco.
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 29 giugno 2006 : 23:46:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sinceramente non ho mai provato a guardare se c'era differenza, ma faccio sempre il bianco con la stessa "UVetta" (e un nome piu scemo non glielo potevano dare...) del campione.

Comunque credo sia normale, alla fine anche cuvette di quarzo diverse ti danno risultati diversi.

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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8398 Messaggi

Inserito il - 30 giugno 2006 : 10:09:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie Chick!
Io me ne sono accorata quando dovevo leggere tanti campioni e quindi per comodità preparavo prima un bianco e tutti i campioni e poi li leggevo di fila. Ho notato che le differenze sono abbastanza elevate rispetto a quella che hai con le cuvette di quarzo e non del tutto trascurabili se hai campioni poco concentrati!

Riguardo al nome "UVette" hai proprio ragione!
Pensa che anche il rappresentate Eppendorff a volte quando gli dico "Devo comprare le UVette" ci pensa su un po' prima di realizzare!
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cin
Utente Junior

ptero

Prov.: Padova
Città: Padova


558 Messaggi

Inserito il - 03 luglio 2006 : 13:49:14  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cin Invia a cin un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho fatto tante di quelle letture con una sola cuvetta al quarzo che ne ho la nausea, per cui ora quando uso lo spettrofotometro uso solo le UVette e un solo bianco per tutte che rimetto su ogni 5-6 campioni per verificare che non abbia problemi lo strumento. Questa lettura sostanzialmente ci serve per vedere se ci sono contaminazioni da reagenti dell'estrazione e siccome usiamo sempre le colonnine che assai di rado presentano problemi,mi piacerebbe trovare il modo per evitare di farla. IO ADORO usare l'Agilent! Spero di poterlo dire anche del Nano Drop.......
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cin
Utente Junior

ptero

Prov.: Padova
Città: Padova


558 Messaggi

Inserito il - 03 luglio 2006 : 13:58:10  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di cin Invia a cin un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
AH, mi sono ricordata a proposito di letture, che c'è stato un periodo che la mia capa voleva le letture fatte in TE e la rottura di scatole era elevata all'ennesima potenza (sempre con unica cuvetta al quarzo), per cui gli ho confrontato 40 campioni in TE con gli stessi in H2O e le differenze erano minime!!!!
E già, ogni tanto i capi hanno di questi lampi...., ma la mia rimane sempre la mia splendida capa!
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