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#versione con la funzione integrata nel main e che funziona
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#parte main dell'esercizio
aus<-as.matrix(read.table("logratio_data.txt",header=TRUE))
Spot.index<-aus[,1]#la prima colonna contiene gli identificativi degli spot
LR.data<-aus[,-1]

#1)fare un grafico con i boxplot di ogni array
X11()
boxplot(as.data.frame(LR.data),ylim=c(-6,6))
title("Boxplot di tutti gli array")
X11()
#2)calcolare la media per righe di ogni array
medie_per_riga<-apply(LR.data,1,mean)

#3)fare il qq plot di ogni array rispetto a vettore delle medie
num_array<-c(ncol(LR.data))
par(mfrow=c(num_array/2,num_array/4))
for (i in (1:8))
{
 
  qqplot(medie_per_riga,LR.data[,i],xlim=c(-6,6),ylim=c(-6,6))
  title(paste("array",i,"vs media"))
  abline(0,1,col=2) 
}

#4)quantile normalization
#provo a farla senza chiamare la funzione 
matrice.ordinata<-apply(LR.data,2,sort)

#2)creo una nuova matrice che memorizzi l'ordinamento 

matrice.posizioni<-apply(LR.data,2,rank)

#3)costruisco vettore contenente media riga per riga

medie.riga<-apply(LR.data,1,mean)

#4)
#4a)inizializzo la matrice normalizzata
numero_righe<-nrow(LR.data)
numero_colonne<-ncol(LR.data)
matr.norm<-matrix(0,nrow=numero_righe,ncol=numero_colonne)

#4b)

for (i in (1:numero_colonne))
 {matr.norm[,i]<-medie.riga[matrice.posizioni[,i]]
  }
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#normalizzo e faccio grafico boxplot
X11()
boxplot(as.data.frame(matr.norm),ylim=c(-6,6))
title("Boxplot di tutti gli array normalizzati")

#3)fare il qq plot di ogni array normalizzato rispetto al primo array normalizzato

X11()
par(mfrow=c(num_array/2,num_array/4))
for (i in (1:8))
{
 
  qqplot(matr.norm[,1],matr.norm[,i],xlim=c(-6,6),ylim=c(-6,6))
  title(paste("array",i,"vs array 1 (versione normalizzata)"))
  abline(0,1,col=2) 
}

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norm_quantile<-function(log_ratio)

#1)creo una nuova matrice con gli elementi della prima ordinati epr colonne

matrice.ordinata<-apply(log_ratio,2,sort)

#2)creo una nuova matrice che memorizzi l'ordinamento 

matrice.posizioni<-apply(log_ratio,2,rank)

#3)costruisco vettore contenente media riga per riga

medie.riga<-apply(log_ratio,1,mean)

#4)
#4a)inizializzo la matrice normalizzata
numero_righe<-nrow(log_ratio)
numero_colonne<-ncol(log_ratio)
matr.norm<-matrix(0,nrow=numero_righe,ncol=numero_colonne)

#4b)

for (i in (1:numero_colonne))
 {matr.norm[,i]<-medie.riga[matrice.posizioni[,i]]
  }

return(matr.norm)
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nota del moderatore: ho splittato la discussione e cambiato il titolo. Per favore non mischiamo troppe domande nello stesso topic, si crea confusione!