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nonsonoqui
Nuovo Arrivato
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 Inserito il - 19 gennaio 2011 : 08:32:30
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Il sequenziamento paired end è stato utilizzato con successo durante il progetto genoma umano, in quanto permetteva di sequenziare anche le regioni ripetute del genoma, di grande impedimento nel sequenziamento completo.
Immaginate, dopo una frammentazione parziale, isolavano delle lunghe sequenze, clonate poi nei BAC, successivamente digerite ancora, dalla corsa di questa seconda digestione si isolano dei determinati frammenti, ad esempio 3kb.
Inserire le sequenze in un vettore plasmidico, e procedere con il sequenziamento delle regioni estreme, si avranno le 2 estremità sequenziate per 500bp ed in mezzo circa 2kb non sequenziate.
Per risolvere le regioni ad alto grado di ripetizione è stato necessario appoggiarsi ad un assemblamento tramite i paired end, ricordate, che soprattutto prima, una reazione di sequenziamento non poteva andare molto oltre i 500bp, perciò, per superare le difficoltà prodotte da regioni ripetute bastava che queste si trovassero nel mezzo delle 2kb, e pian piano con i contig giusti ci si poteva risalire...
Spero di essermi fatto capire, senò chiedete ancora
ciao |
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end paired sequencing
Didattica
Inserito il - 16 gennaio 2011 : 12:22:55
