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biocandy
Utente Junior
370 Messaggi |
 Inserito il - 27 aprile 2010 : 17:43:38
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salve a tutti! devo identificare la regioni 3'UTR di un gene usando USCS genome browser ma non so come impostare i criteri di ricerca non avendo mai avuto molti approcci con la bioinformatica. qualcuno di voi l'ha gią usato? grazie 
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biocandy
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 27 aprile 2010 : 18:28:37
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| OPS!intendevo UCSC Genome Browser! |
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Neuroscience
Utente
659 Messaggi |
Inserito il - 27 aprile 2010 : 18:43:56
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prendi la sequenza del cDNA del tuo gene, fai un blat in UCSC. Poi prendi la regione esonica trascritta al 3' della tua sequenza cDNA.
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Cittą: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2010 : 09:52:07
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Appuntati l'identificativo del tuo gene, quindi apri l'UCSC Table Browser. A questo punto otterrai una schermata tipo questa:
1. Spunta la casella genome, a meno che tu non voglia spaziare la tua ricerca su una regione genomica precisa
2. Inserisci la lista degli identificativi del tuo gene
3. Scegli il tipo di output che preferisci (ad es. la sequenza del gene in formato FASTA)
4. Recupera l'output |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Cittą: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2010 : 11:22:05
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Il problema é che "3'UTR di un gene" non é un qualcosa di veramente ben definito. Potresti dire "3' UTR di un trascritto" ma se ti riferisci el 3' UTR di un gene non si capisce bene a cosa ti stai riferendo.
Il 3' UTR di un trascritto (3' Un-Translated Region) é una sequenza che viene trascritta in un particolare mRNA, ma non tradotta in proteina, generalmente perché si trova al di lį del codone di stop. Un gene puó avere piu' di un trascritto, quindi se vuoi il 3'UTR di un gene devi definire a quale trascritto ti riferisci: se il piu' lungo, il piu' espresso, quello che finisce piu' a valle, o un insieme di tutti i trascritti. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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biocandy
Utente Junior
370 Messaggi |
Inserito il - 28 aprile 2010 : 17:19:37
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E se volessi utilizzare NUCLEOTIDE sul sito dell'NCBI come faccio ad ottenere come output solo il 3'UTR? chiedo venia ma questo č il mio primo approccio con la bioinformatica e quindi anche cose semplici mi sembrano complicate non avendole mai fatte! grazie mille per i consigli |
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3' UTR di un gene [era:USCS genome browser]
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