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saro
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
 Inserito il - 04 maggio 2010 : 13:31:26
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Salve a tutti ragazzi, complimenti per il sito e il lavoro che svolgete. Volevo chiedervi dei consigli, spero di aver usato la sezione giusta. Sto preparando una tesi di informatica, l'argomento è il pattern matching, ho trattato gli algoritmi più famosi per risolvere questo problema e ho parlato anche di bioinformatica. Adesso però vorrei fare un applicazione, del pattern matching sulle sequenze..ma non so cosa fare di preciso..potreste darmi qualche consiglio o qualche idea??grazie mille anticipatamente
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MB
Nuovo Arrivato
58 Messaggi |
Inserito il - 05 maggio 2010 : 14:30:15
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non sai cosa cercare? puoi spiegarti meglio?
ciao |
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saro
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 06 maggio 2010 : 15:43:22
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| Nella tesi ho descritto e implementato alcuni algoritmi di pattern matching esatto. Ho parlato anche della bioinformatica, del genoma e delle banche dati..adesso vorrei realizzare una qualche applicazione del pattern matching sulle sequenze geniche. Potete darmi qualche consiglio o idea più specifica? |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 06 maggio 2010 : 16:02:49
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Exonerate é un piccolo programma scritto in C per allineare sequenze, pubblicato nel 2005 da un ricercatore dell'EBI.
- http://www.ebi.ac.uk/~guy/exonerate/
E' molto comodo perché e pratico perché é utilizzabile a linea di comando e senza la necessitá di configurare database come per blast, quindi é piu' immediato di altri programmi.
Inoltre, implementa dei buoni modelli per allineare sequenze di mRNA/cDNA al genoma: ovvero, é capace di identificare i grossi gaps corrispondenti agli introni (che sono presenti sul genoma ma non sull'mRNA), permettendo di identificare il gene codificante per un trascritto.
Il programma é scritto in C (o in C++, non sono sicuro), ed é GNU/GPL. Ti puó servire come base per capire come implementare un algoritmo di allineamento in questo linguaggio.
Inoltre, il tool non viene aggiornato da un po'... Potresti metterti in contatto con l'autore e chiedergli se ha bisogno di una mano, magari per implementare qualche feature nuova. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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saro
Nuovo Arrivato
6 Messaggi |
Inserito il - 06 maggio 2010 : 18:25:49
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grazie per la risposta molto dettagliata..ci studierò un pò. anche se più che all'allineamento sono concentrato sulla ricerca di pattern nelle sequenze....
Per non cercare di riinventare la ruota penso che dovrò realizzare qualcosa di un pò più specifico.Cioè ricercare pattern determinanti in sequenze più lunghe per poter determinare qualcosa...ci sto ancora studiando però..il mio problema è che non me ne intendo molto di biologia, quindi come si fa a sapere quali sequenze determinano qualcosa..tipo le proteine, o meglio..le malattie genetiche??... |
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tesi pattern matching e bioinformatica
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