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bfly-
Nuovo Arrivato



3 Messaggi
Inserito il - 10 maggio 2010 : 16:24:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bfly- Invia a bfly- un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Dubbio....
una mutazione frameshift causa uno slittamento del codice di lettura per l'inserzione /delezione di un numero di basi non multiplo di tre. e fin qui...

ma perché é sempre causa della formazione di un codone di stop anticipato???
é solo una questione di probabilità che dipende dalla sequenza??? della serie prima o poi....

Mi dicono che é ovvio che una frameshift causa una nonsense anticipata e sempre una proteina tronca...ma io non capisco..........

hihi scusandomi per la domanda magari ovvia ai più
grazie grazie

Caffey
Utente Attivo

ZEBOV

Città: Perugia


1496 Messaggi
Inserito il - 10 maggio 2010 : 19:27:04  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Caffey Invia a Caffey un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Anche per me non è ovvio che si inserisca un codone di stop. E' vero che è altamente probabile e che prima o poi la proteina deve interrompersi, però può accadere anche che la proteina sia lunga quasi quanto quella correta ma che sia diversa e quindi non funzionante, funzionante in maniera minore etc.
[...] Hunc igitur terrorem animi tenebrasque necessest
non radii solis neque lucida tela diei
discutiant, sed naturae species ratioque. [...]

Titus Lucretius Carus
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bfly-
Nuovo Arrivato



3 Messaggi
Inserito il - 10 maggio 2010 : 22:26:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bfly- Invia a bfly- un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Anche a me non é ovvio , mi sembra più una questione di probabilità, come suggerisci anche tu, ma a quanto pare é così....e quando si trova una frameshift si aspettano sempre una prot tronca, e il mio dubbio sembrava un'eresia ....
Qualcuno ne sa di più????
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 10 maggio 2010 : 22:40:59  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Quello che puoi dire è che una mutazione frame-shift avrà una alta probabilità di dare una proteina non funzionale.
Che dia sempre una proteina tronca è falso, infatti può benissimo dare una proteina più lunga dell'originale, soprattutto se la mutazione è verso la fine del gene.

Sarebbe un bell'esercizio di bioinformatica:
- scrivere un programmino che data una sequenza inserisca una mutazione frameshift casuale
- generare un grande numero di mutazioni diverse e fare un istogramma della lunghezza del prodotto finale :)
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bfly-
Nuovo Arrivato



3 Messaggi
Inserito il - 10 maggio 2010 : 22:58:17  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bfly- Invia a bfly- un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
é che quando lo affermano con certezza professionisti esperti i dubbi rimangono sempre..... sai magari thm tutto è possibile poi nella realtà dei fatti invece...boh, magari per evitare ulteriori danni, la natura...
(xò anche sui testi/appunti dell'uni non ho trovato una definizione per cui inequivocabilmente frameshift => nonsense )...
Ok, quindi diamo per certo che é un'affermazione falsa????


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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi
Inserito il - 10 maggio 2010 : 23:08:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Piccolo esempio in cui una mutazione frameshift genera un peptide più lungo dell'originale:


ATG TGT GGT TTG GGA AGC ACA AAA CAC GAG CAG UAG
Met C   G   L   G   S   T   K   H   E   Q   Stop


Dopo frameshift


ATG TGT GGT TTG GGA AGC CAC AAA ACA CGA GCA GUA G.....
Met C   G   L   G   S   H   K   T   R   A   V   ....


E' chiaro che su un gene più lungo è più probabile che venga fuori uno stop, ma non è necessariamente vero.
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