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kORdA
Utente Attivo

newkORdA
Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 25 maggio 2010 : 09:17:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando



Ecco qua un grafo dei miei risultati di target prediction sui miRNA (le tre "supernove"). Le altre "stelle" sono i relativi geni target le cui dimensioni e colori sono proporzionali allo score di interazione tra la relativa 3'-UTR e il miRNA maturo.

Con un grossolano fotoritocco con Gimp si possono ottenere immagini tipo questa...

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada

Iside
Utente Attivo

Iside_paradise

Cittā: Napoli


1375 Messaggi

Inserito il - 25 maggio 2010 : 09:58:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Iside  Invia a Iside un messaggio Yahoo! Invia a Iside un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
wow!

...we're just two lost souls swimming in a fishbawl...year after year...
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dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 25 maggio 2010 : 11:02:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
bello... ma per il resto, odio Cytoscape con tutto il mio cuore: é un software instabile scritto in Java, e per ricevere una risposta dagli autori bisogna aspettae mesi

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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atreliu
Amministratore

2970fired

Prov.: Milano
Cittā: Milano


2484 Messaggi

Inserito il - 25 maggio 2010 : 11:38:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di atreliu  Invia a atreliu un messaggio AOL  Invia a atreliu un messaggio ICQ  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di atreliu  Invia a atreliu un messaggio Yahoo! Invia a atreliu un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Bella davvero: bravo Korda!

PS: Ho modificato le dimensioni dell'immagine, lasciando il link a quella originale.

MolecularLab.it - Animazioni, News, didattica & Community su bioinformatica, biologia molecolare ed ingegneria genetica.

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 25 maggio 2010 : 17:35:25  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da dallolio_gm

bello... ma per il resto, odio Cytoscape con tutto il mio cuore: é un software instabile scritto in Java, e per ricevere una risposta dagli autori bisogna aspettae mesi



Condivido in pieno, pero' indubbiamente CytoScape e' molto "coreografico" (fare le stesse cose in R credo sia fattibilissimo, ma da strapparsi i capelli per un niubbo come me) ...

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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chick80
Moderatore

DNA

Cittā: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 25 maggio 2010 : 18:20:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
fare le stesse cose in R credo sia fattibilissimo, ma da strapparsi i capelli per un niubbo come me


Prova a usare R con igraph http://igraph.sourceforge.net/

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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 01 giugno 2010 : 18:03:22  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
grazie chick, sto giocando con igraph e mi sembra un package piuttosto potente... very cool

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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kORdA
Utente Attivo

newkORdA

Prov.: Milano
Cittā: Monza


1303 Messaggi

Inserito il - 08 giugno 2010 : 09:36:55  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di kORdA  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di kORdA Invia a kORdA un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ho spulciato un bel po' la documentazione del package ma non ho trovato nulla a riguardo di come fissare una distanza minima tra i nodi (in termini di visualizzazione intendo)

Se puo' tornare utile questo e' un semplice script che avevo fatto per disegnare grafi della Gene Ontology.



Allegato: GO_graph.tar.gz
7,43 KB

http://www.linkedin.com/in/dariocorrada
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