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Moloney
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111 Messaggi |
 Inserito il - 04 giugno 2010 : 21:57:25
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Ho una lista di geni. Vorrei avere un display grafico delle loro eventuali interazioni, con un tool web non a pagamento (Non ingenuity IPA, ad esempio ) e non DAVID. Stavo provando EGAN, ma mi pare un pò complicato... Proposte?
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kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2010 : 10:10:04
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IPA ( ) e DAVID ( ) assolvono tipi di analisi piuttosto avanzate che non vedere solo un grafico delle interazioni.
Non conosco EGAN ma se il tuo problema e' riconducibile alla sola ricerca di interazioni potresti provare STRING oppure BioGRID. Se invece hai bisogno di fare qualcosa di un po' più avanzato e "coreografico" al tempo stesso c'e' sempre CytoScape con i suoi plugin.
Se invece devi fare proprio enrichment analysis c'e' GSEA del Broad Institute oppure Babelomics.
Io ho perso un po' di tempo a tentare fare enrichment analysis con DAVID; ho abbandonato tutto dopo aver constatato che era infattibile fare questo tipo di analisi usando un webtool quando ci si trova con migliaia di geni, quindi mi sono arrangiato a fare analisi in locale usando i package di BioConductor (GSEA dispone di un package x R, ma chi l'ha usato mi ha detto che con R v2.9 sono saltati fuori un bel po' di bug, qualcun'altro ne sa qualcosa di piu'?) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
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Moloney
Nuovo Arrivato
111 Messaggi |
Inserito il - 07 giugno 2010 : 22:51:41
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E' proprio di coreografia che ho bisogno, l' enrichment analysis l' ho già fatta.. Ho bisogno di network da far vedere... Cytoscape mi pare molto complicato,  Ho bisogno di un tool for dummies! |
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stefanken
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39 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2010 : 09:23:25
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Potresti spiegare meglio cosa intendi per interazioni?
Hai una lista di geni e vuoi vedere se i loro prodotti proteici possono interagire tra di loro (interazione proteina-proteina)? O ti interessano interazioni tipo uno è il fattore di trascrizione dell'altro? Ti serve identificare la loro relazione funzionale all'interno di una pathway? e poi: quanti geni sono? Sono di uomo?
Saluti
Stefano |
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Moloney
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111 Messaggi |
Inserito il - 10 giugno 2010 : 13:48:38
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| Allora, io ho una lista di probe set ID di chip di espressione umano Affy. Ho già fatto una enrichment analysis con DAVID, ma mi piacerebbe fare la stessa cosa con un display grafico un pò più carino: quindi si, mi riferisco ai prodotti proteici all' interno di pathways I geni sono tanti, un migliaio abbondante. |
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stefanken
Nuovo Arrivato
39 Messaggi |
Inserito il - 11 giugno 2010 : 19:45:25
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Scusa il ritardo... giornataccia...
allora alcuni punti:
1) Hai già fatto una enrichment analisys con DAVID, allora sei a posto: se ha selezionato come annotazioni KEGG o BIOCARTA o altra roba che riguarda pathways, se trovi una annotazione biologica significativa basta cliccare sull'apposito link, nei risultati di kegg o biocarta, e ti apparirà la rappresentazione grafica della pathway in questione con dei segnali (delle stelline lampeggianti o roba simile) in corrispondenza dei geni presenti nella tua lista. Questo tipo di rappresentazioni mi sembra molto più efficace rispetto alla ricerca della co-occorrenza dei geni nelle pathway in toto perché prevede una selezione delle pathway coinvolte secondo un indice statistico accettato (la versione modificata dell'ease score adottata da DAVID, quindi essenzialmente una misura derivata dal test esatto di fisher).
2) Ma da dove viene una lista genica così affollata? 1000 probeset id ? Mi sembra piuttosto improbabile che una signature molecolare (o qualsiasi altra cosa rappresentino tutti 'sti trascritti) abbia dentro un così nutrito numero di elementi. Non credi sia il caso di ridurre la dimensionalità di questo input?
Saluti
Stefano |
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Moloney
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111 Messaggi |
Inserito il - 11 giugno 2010 : 20:39:06
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| Ti ho risposto via PM ;-) |
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Display grafico di una lista di geni
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