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 Comprensione dendrogramma (CLUSTALW)
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qxc
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9 Messaggi

Inserito il - 14 giugno 2010 : 16:01:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di qxc Invia a qxc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve a tutti.
Ho allineato 8 sequenze di nucleotidi (lunghezza variabile sino a 17020 bp) con Bioedit7.0.9 utilizzando l'algoritmo CLUSTALW.

Il programma ha prodotto alcuni files tra cui uno denominato: ~FASTA~1.dnd

Il file è un file dendrogramma che presumibilmente ha prodotto CLUSTALW per la creazione dell'albero filogenetico con metodo Neighbor Joining..giusto?

Il contenuto del file è il seguente :

-------------------------
(
(
0000000000:0.03425,
0000000003:0.03851)
:0.00156,
(
0000000001:0.01161,
0000000002:0.01025)
:0.03456,
(
(
(
0000000004:0.07346,
0000000007:0.08758)
:0.02809,
0000000005:0.04208)
:0.00433,
0000000006:0.03902)
:0.00071);

-------------------------
Mi sapreste aiutare ad interpretarlo?
Le sequenze sono 8 e sono state rinominate cosi da CLUSTALW:
0000000000
0000000001
0000000002
0000000003
0000000004
0000000005
0000000006
0000000007

Qualcuno mi puo' aiutare?
A voi dice qualcosa il contenuto del file .dnd?

Esiste un software online che permette di visualizzare in forma grafica un dendrogramma a partire da files con estensione .dnd?

grazie infinite

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 14 giugno 2010 : 18:43:26  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Potresti usare il programma 'drawtree' dal pacchetto phylip. Leggi questa guida:
- http://www.csb.bham.ac.uk/hpcc/software/phylip/index.html
Il formato dnd serve per salvare l'informazione su un albero filogenetico, ma non è pensato per essere letto manualmente, devi usare un programma per trasformarlo in un grafico o in una forma piu' leggibile.

In ogni caso Jalview, un altro programma per visualizzare allineamenti, è in grado di leggere un file dnd e visualizzare l'albero corrispondente. Probabilmente anche BioEdit ha una opzione simile.


Una nota a parte: ti sconsiglio di usare clustalw, meglio un programma piu' accurato come t-coffee o muscle.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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qxc
Nuovo Arrivato



9 Messaggi

Inserito il - 15 giugno 2010 : 16:49:42  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di qxc Invia a qxc un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ringrazio.Era proprio ciò che cercavo...
grazie di nuovo
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steffi85
Nuovo Arrivato


Prov.: Mantova
Città: castiglione delle stiviere


25 Messaggi

Inserito il - 22 novembre 2010 : 08:13:05  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di steffi85 Invia a steffi85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!
Vi scrivo per chiedere se qualcuno può darmi una delucidazione su questo fantastico e dannato programmino: CLUTALW!

Dunque... ho lanciato un multiallineamento ra la mia sequenza ed altre 5. Ho trovato dei residui molto conservati acidi, alifatici, polari neutri e pochi neutri polari. Che cosa significa? che sono le regioni più interne alla proteina e che probabilmente rispondono a dei domini funzionali?
e poi... ho modificato la gap extension e la open-gap penality, ma praticamente non è cambiato nulla. cosa significa??

non capisco!!

Ringrazio tutti in anticipo...

Allegato: Bioinfo Stefania ed Elena last.odt
40,17 KB
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