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giorgio
Nuovo Arrivato
Prov.: Livorno
Città: Livorno
2 Messaggi |
 Inserito il - 12 maggio 2004 : 23:21:38
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Salve a tutti!
Sono nuovo del forum. So praticamente niente di biologia molecolare. Sono un programmatore e lavoro in una ditta che si occupa di sviluppo web. Però sono affascianto dalla bioinformatica (forse per la vicinanza con sorella e fidanzata biologhe  )
Molti di voi sapranno cos'è un cluster. Cmq. per chi fosse digiuno, un cluster è un insieme di computer che sommano la loro potenza per compiere complesse operazioni di calcolo.
Da un po' di tempo mi ronza in testa un'idea. Vorrei mette su un cluster con hardware recuperato (vecchi PC in disuso) e sistema operativo UNIX (Linux, *BSD - comunque free!) e sviluppare su di esso un progetto di bioinformatica, ad esempio elaborare lunghe catene di DNA.
Ora, essendo digiuno in materia, chiedo a voi: cosa potrebbe fare di utile il mio cluster? avete in mente qualche progetto che, anche a scopo dimostrativo, potrebbe girare su un "computer" del genere? oppure farei bene a fargli calcolare la radice quadrata dei numeri da 1 a 1000000000?
Aspetto suggerimenti!
giorgio
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 13 maggio 2004 : 12:31:53
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Potresti farci un sacco di cose: sicuramente costa molto di meno della maggior parte degli strumenti in un laboratorio, ed è molto potente. Anche noi studenti della facoltà di biotecnologie a Bologna stavamo pensando di mettere su qualcosa del genere, poi ti faccio sapere.
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 13 maggio 2004 : 16:16:42
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Sicuramente una delle cose molto *in voga* è la ricerca di sequenze di DNA da database, il loro allineamento e cose simili... ma anche, cosa però non sempre fattibile, predizione di strutture molecolari di proteine (devi sapere mooooolto bene la chimica fisica e la matematica per fare qualcosa del genere).
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 24 maggio 2004 : 21:40:55
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In ogni caso quella che hai avuto è una ottima idea!!! Mi piacerebbe esserne capace anche a me...
Ti dico quello che ci farei io: prendi una sequenza di una proteina qualsiasi, e confrontala con tutte le altre sequenze di un database. Se trovi qualche omologia abbastanza forte tra due proteine con funzioni differenti, potrebbe essere interessante... |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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giorgio
Nuovo Arrivato
Prov.: Livorno
Città: Livorno
2 Messaggi |
Inserito il - 28 maggio 2004 : 23:15:07
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Dunque, la mi idea sarebbe quella di creare un cluster di server sul quale ciascuno possa depositare in un database una proteina e contemporaneamente confrontarla con quelle già presenti nel DB (una sorta di auto apprendimento del software).
Credo che database di proteine ve ne siano già molti sparsi sulla rete quindi tale progetto sarebbe più utile a me come sviluppatore che alla community.
Però potrebbe essere interessante provare...
Vi terrò informati sullo sviluppo del progetto attraverso il forum... se ci sarà uno sviluppo perché al momento sono stracarico di lavoro.
Ciao!
Giorgio
P.S. per dallolio_gm: complimenti per il simpaticissimo sito e sopratutto per il gioco da scaricare!!! |
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