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Zia
Nuovo Arrivato

microglia


7 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2010 : 15:09:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zia Invia a Zia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti!

Sono alle prese con l'ultimo esame pre laurea (quindi sono più esaurita del normale...) e non riesco a fare pace con R... siamo proprio in rotta, sob sob sob.

Il mio problema è questo: ho calcolato 4 matrici di distanza e dovrei mettere i grafici di queste in un'unica finestra: per i sani di mente dovrebbe essere semplice (soprattutto perchè esistono manuali...) ma per me al momento è un cruccio non indifferente!

Spero qualcuno possa aiutarmi... ne va della salute del mio PC che sta per essere scaraventato dal balcone se non "mi obbedisce"! :)

chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2010 : 15:35:16  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ci sono vari modi, ma il mio preferito è:


par(mfrow = c(2,2))
plot(matrice1, ......)
plot(matrice2, ......)
plot(matrice3, ......)
plot(matrice4, ......)


Cambia il parametro mfrow a seconda di quante righe/colonne vuoi

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Zia
Nuovo Arrivato

microglia



7 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2010 : 18:34:52  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zia Invia a Zia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie!!! Perfettamente riuscito il bel graficozzo! :)

Sono passata ora al bootstrap: nessun problema tecnico... se non per la voglia strana del prof/esercizio di vedere il bs come termometro... a livello sintattico, dove lo metto????

Grazie di nuovo, il mio neurone stanco te ne sarà grato!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2010 : 19:50:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
se non per la voglia strana del prof/esercizio di vedere il bs come termometro... a livello sintattico, dove lo metto????


hmmmm.... non ho capito bene la domanda! Puoi spiegarti meglio?

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Zia
Nuovo Arrivato

microglia



7 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2010 : 20:26:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Zia Invia a Zia un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok, ci provo.

L'esercizio chiede di calcolare i valori di bootstrap per il nj-tree secondo Kimura 1980 e di disegnare l'albero,utilizzando la rappresentazione a termometro per i valori di bootstrap.
Io ho calcolato con:

bs=phylo.boot(....)
plot(..)
..$node.label=bs
nodelabels(..$node.label,cex=0,7)

ma non so come e soprattutto dove inserire l'attributo "thermometer", che mi rappresenta il valore di bootstrap nel grafico come se fosse un termometro.

Spero di essere stata più chiara
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 20 giugno 2010 : 21:25:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
hmmmm.... mi spiace non ne so abbastanza a riguardo purtroppo.

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bourbaki
Nuovo Arrivato



2 Messaggi

Inserito il - 21 giugno 2010 : 09:28:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di bourbaki Invia a bourbaki un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Citazione:
Messaggio inserito da Zia

Ok, ci provo.

L'esercizio chiede di calcolare i valori di bootstrap per il nj-tree secondo Kimura 1980 e di disegnare l'albero,utilizzando la rappresentazione a termometro per i valori di bootstrap.
Io ho calcolato con:

bs=phylo.boot(....)
plot(..)
..$node.label=bs
nodelabels(..$node.label,cex=0,7)

ma non so come e soprattutto dove inserire l'attributo "thermometer", che mi rappresenta il valore di bootstrap nel grafico come se fosse un termometro.

Spero di essere stata più chiara



facile:
node.labels(thermo=bs/100,col=...)
bourbakis@gmail.com
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