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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
 Inserito il - 14 agosto 2006 : 11:23:06
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Altra domanda su Clustal per i bioinformatici in ritorno dalle vacanze!
Perche Clustal di sua iniziativa cambia l'ordine delle sequenze che gli vengono date da allineare (voglio dire, nell'allineamento risultante le sequenze non sono nello stesso ordine che nella query!)??
C'è un modo per evitare questo?
Ho cercato altri programmi per il multiallineamento ma le mie sequenze sono troppe (17) e troppo lunghe (poco meno di 3000 bp each!)..
Uffi...  
Grazie infinite!
Ciao ciao
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
 Inserito il - 14 agosto 2006 : 14:29:52
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Non so a chi possa interessare, comunque mi sono data una risposta, e magari questa può essere di aiuto a qualcuno..
Quindi, c'è una finestra nella schermata principale di Clustal, che dice "Output order", da cui basta selezionare "input", mentre di default è selezionalo "aligned".
 c i a o |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 19 agosto 2006 : 03:25:48
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Non ti preoccupare per l'ordine: è una cosa che il programma fa per normalizzare il generatore di numeri casuali che serve per alcuni test statistici. Sul manuale ci dovrebbe essere scritto da qualche parte..
Per il programma di allineamenti multipli, hai provato HMMer? Oppure prova T-Coffee o Muscle.
p.s. buone vacanze! ;)
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Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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Patrizio
Moderatore
Città: Barcellona
1915 Messaggi |
Inserito il - 19 agosto 2006 : 09:58:33
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| dallolio_gm cortesemente mi spiegheresti meglio in base a cosa fa l ordine delle sequenze? io sapevo che faceva un allineamento progressivo tra tutte le possibili coppie di sequenze filogeneticamente correlate.Date N sequenze effettua N(N-1)/2 allineamenti a coppie e in base ai punteggi di similarità calcolati tra tutte le diverse coppie si fa un albero o denrogramma ... questo e' quello che mi ritrovo sugli appunti,ora ho un po' di confusione,thanks |
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valia
Moderatore
Prov.: UK
1001 Messaggi |
Inserito il - 19 agosto 2006 : 10:06:41
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No, è solo che ci tenevo ad avere l'output con le sequenze in un ordine preciso!
Avevo provato T-coffee, ma non funzionava, troppe sequenze troppo lunghe.
Però alla fine come ho scritto nel secondo messaggio, ho scoperto come fare, quindi tutto risolto!!!
 
Grazie per l'augurio ma...  VACANZE
Non so di che parli.. 
Eheh, bye bye |
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ClustalW... ordine query
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