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giogi
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1 Messaggi

Inserito il - 04 luglio 2010 : 20:39:08

ciao..mi sto preparando alla discussione dell'elaborato per il conseguimento della laurea triennale ed ho alcuni dubbi riguardo la metodologia SNP microarray. in particolare � ststa adoperata la tecnologia GeneChip Humman Xba Array (affymetrix) per individuare amplificazioni, delezioni, o comunque mutazioni cromosomiali associate ad una malattia rara. la mia domanda � pi� che altro concettuale e riguarda la metodica. io so che la mia malattia non � causata da SNPs, bens� uso gli SNP come marcatori molecolari. sull'array ho sonde di circa 40 oligonucleotidi contenenti uno SNP. in base all'ibridazione capisco se c'� amplificazione o delezione in una certa regione. Significa quindi che la presenza dell SNp mi serve solo a capire quale regione di DNA sto osservando????e poi, presentandosi gli SNP con na frequenza dell 1% ca nella popolazione come posso utlizzarli come marcatori per tutti 28 pazienti?in pratica sto cercando di capire a fondo la tecnologia e le sue potenzialit�. potreste aiutarmi??

mo-lab
Utente Junior

Citt�: utrecht

348 Messaggi

Inserito il - 06 luglio 2010 : 16:30:12

Hai capito bene...gli Snp individuati tramite il sequenziamento del genoma umano hanno permesso di fare una mappa del genoma..quindi in base allo Snp che trovi riesci a capire la regione del DNA che stai osservando

badmanf85
Nuovo Arrivato

12 Messaggi

Inserito il - 07 luglio 2010 : 14:03:31

Di solito la sintesi di oligonucleotidi su microarray � utilizzata per evidenziare dei polimorfismi dovuti agli SNPs. Infatti proprio la metodologia applicata dalla Affymetrix ha portato ad un esame diagnostico per il tuomore alla mammella dovuto a degli SNPs presenti sul Gene BRCA1. anche se andando avanti nelle ricerche si � visto un coinvolgimento di altri fattori, tra cui polimorfismi del gene BRCA2.
Il gene Brca1 � un oncorepressore e Snps al suo interno sono sintomo di un probabile malfuinzionamento.
Funziona cos�:
Malattia= Tumore alla mammella
Voglio vedere se la mia paziente � portatrice di uno Snps su una regione del gene.
Grazie al Prog genoma umano si conosce la sequenza "normale" del gene che vogliamo testare.
Si costruisce un microarray con tutti gli oligonucleotidi possibili (max 40 basi), con questa frase voglio dire che si prende la sequenza conosciuta di tale gene e si costruiscono tanti oligonucleotidi cambiando con ogni base (AGCT) ogni posizione del gene per la zona che stiamo testando; una volta costruito il microarray (utilizzando dei coloranti fluorescenti Cy3 Cy5) poi si estrae il dna della paziente e lo si ibrida sul microarray, questo una volta ibridato dar� un unica colorazione per ogni nucleotide in ogni posizione, rilasciando la sequenza del gene della nostra paziente che risulter� priva di SNPs (in qnt il gene BRCA1 � recessivo);
Se invece in una posizione troveremo due ibridazioni con due nucleotidi differenti l� � presente uno SNPs � quindi probabile che la nostra paziente possa contrarre un tumore dovuto alla mancanza di attivit� o malfunzionamento della proteina oncorepressore tradotta dal gene Brca1.

Allegato:

Presentazione standard1.ppt
959,73 KB