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ritabio
Nuovo Arrivato
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3 Messaggi |
 Inserito il - 07 luglio 2010 : 14:42:38
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Buon pomeriggio a tutti!!!!
Dovrei sostenere l'esame di bioinformatica il 14 luglio. Oltre al programma mi è stato assegnato anche un progetto: si tratta di discutere un esperimento in formato MIAME(Minimum Information About Microarray Experiment) e di creare il corrispettivo file xml (non so se mi sono ben espressa...  ).
Ho scritto l'esperimento MIAME in word ed ora,visto il poco tempo per me a disposizione, vorrei trovare un software (magari un freeware) che mi permetta di convertire il mio "DOC" in "XML" in automatico( da sola credo ci metterei un'infinità, vista la mia poca dimistichezza con i linguaggi informatici).
Spero che qualcuno di voi mi possa aiutare....
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dallolio_gm
Moderatore
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2445 Messaggi |
Inserito il - 07 luglio 2010 : 19:25:56
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Ti riferisci a questo:
- http://www.mged.org/Workgroups/MIAME/miame.html ???
Penso che tu stia facendo un po' di confusione. Sembra che questo MIAME sia una serie di specifiche per descrivere un esperimento di microarray affinchè sia possibile riprodurlo.
Queste specifiche possono essere descritte secondo diversi formati, come dice nel sito:
MIAME does not specify a particular format, however, obviously the data are more usable, if it is encoded in a way that the essential information specified by MIAME can be accessed easily. MGED recommends the use of MAGE-TAB format, which is based on spreadsheets, or MAGE-ML.
Potresti usare il MAGE-TAB format che è basato su uno spreadsheet (excel, calc, gnumeric, etc..) oppure MAGE-ML che è basato su XML.
Dalla documentazione delle specifiche per il formato MAGE-TAB sembra che sia piuttosto complicato da utilizzare, ma forse se hai già descritto il documento in .doc hai giá una idea di cosa deve contenere.
Se guardi nella sezione dei tools di MAGE-TAB:
- http://www.mged.org/mage-tab/tools.html
ve ne sono alcuni che permettono di convertire questo formato in XML, ma per utilizzarli devi prima convertire il tuo doc in un excel (probabilmente con una linea per elemento). |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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ritabio
Nuovo Arrivato
Prov.: Cz
Città: Catanzaro
3 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2010 : 17:06:56
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Grazie mille per il tuo aiuto: come avrai ben capito, le mie conoscenze bioinformatiche sono alquanto vaghe e confuse!!!!
Come mi hai consigliato, ho trasformato il file doc in xls, ho cliccato sul link che mi hai lasciato ed ora sono nuovamente nel pallone: credo, e dico credo, di aver scaricato il file, e non un software, che mi permette di convertire "MAGETAB (o excel,) in MAGE-ML", ma non so utilizzarlo.
Mi sa che l'esame slitta...uffiiii 
Grazie ancora...
ps: sono semplicemente una biotecnologa!!!! |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 08 luglio 2010 : 18:30:34
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Mi sembra strano che il vostro prof vi abbia richiesto di compilare un file XML a mano, senza indicare qualche strumento per farlo in maniera automatica.
Secondo me il tuo prof vuole che utilizzi un qualche tool spiegato a lezione... non puoi controllare sugli appunti o chiedere ai tuoi compagni di corso?
Generalmente i file XML non vengono scritti a mano, e il formato XML non è pensato per essere utilizzato da un essere umano, ma piuttosto per organizzare informazioni in un computer. |
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Jimi Hendrix
Nuovo Arrivato
1 Messaggi |
 Inserito il - 25 febbraio 2011 : 11:32:56
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Ciao a tutti, sono uno studente di ingegneria biomedica e provengo dallo stesso ateneo di ritabio. La coincidenza vuole che entrambi dobbiamo fare lo
stesso esame che si chiama Bioinformatica. Credo che il progetto intitolato "Microarray(Archiviazione MIAME)", sia lo stesso di ritabio.
Se ho capito bene dovrei fare questo :
In sostanza, la ricerca consiste nel discutere un esperimento generico che rispetti il MIAME e nel trovare alcuni tools che estraggono un file xml dai dati ottenuti
dall’esperimento stesso
Da quello che mi ha detto il prof, nella mia ricerca centrano anche i file Affimetrix e Illumina, tipo dati microarray espressione genica e SNP, e file con
estensione .cel
Studiandoci un pò sopra ho capito che Illumina e strettamente legato allo SNP, e che i files formato MAGE-ML e MAGE-TAB racchiudono diverse informazioni che
possono essere suddivise con files di diversi formati, come ad esempio quello .cel e altri
Spero che qualcuno di voi possa darmi più chiarimenti, e mi suggerisca qualche tools facile da usare e da spiegare nella mia ricerca; x ora il prof mi ha suggerito
il BASE che proviene dal sito mged e il MIAMExpress che è presentato in http://www.ebi.ac.uk/miamexpress/
Sia chiaro a tutti che non sono un ingegnere d'indirizzo informatico, quindi il prof pretende da me qualcosa di meno impegnativo |
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