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mollichina di pane
Utente Junior

121 Messaggi

Inserito il - 14 luglio 2010 : 15:17:42

Ciao a tutti!
Avrei bisogno del vostro aiuto...
Ho un gene che presenta diverse isoforme (questo lo so dalla letteratura). Ho clonato e sequenziato una di queste. Dalla sequenza risulta che l'isoforma presenta circa 100nt in meno rispetto alla sequenza di riferimento. Visto che in letteratura nessuno ha sequenziato questa isoforma e quindi non ho una sequenza di riferimento, mi chiedevo se esistesse uno strumento informatico in grado di analizzare la mia sequenza e di confrontarla con la NCBI Reference Sequence in modo da dirmi che tipo di splicing sia avvenuto.
Spero che qualcuno mi aiuti!!!
Grazie.

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 14 luglio 2010 : 17:26:16

Potresti provare semplicemente un Blat della sequenze sul genoma, dal sito di UCSC.
Blat � un software di allineamento simile a blast, ma � piu' accurato nell'allineare trascritti di DNA sul genoma e nel tenere in conto i siti di splicing.
- http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat?command=start

dopodich�, puoi visualizzare direttamente i risultati con il genome browser di UCSC, e attivare la annotazione di 'known mRNAs' per confrontarlo con gli altri trascritti.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

mollichina di pane
Utente Junior

121 Messaggi

Inserito il - 15 luglio 2010 : 09:57:44

Grazie mille!
Ci provo subito...