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jeCO85
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51 Messaggi

Inserito il - 18 luglio 2010 : 17:13:06

Sono alle prese con una VEQ per valutare la capacit� del laboratorio a effettuare le PCR :-)
Ma non riesco a passare un esercizio.

In breve: la VEQ fornisce SOLO una provetta con dentro i primer (di sequenza a me sconosciuta); dNPTs, Taq ecc ecc ce li metto io secondo un protocollo indicato nella VEQ.Il DNA di partenza lo forniscono loro ed � lo stesso in tutti gli esercizi

Per tre esercizi su quattro sono riuscito ad amplificare e mi viene una bella banda definita (tranne in un caso dove le bande sono due, entrambe evidenti); uso il DMSO per evitare aspecifici.

In un esercizio per� mi vengono una marea di bande (almeno 6-7) di pesi diversi; e in particolare in questo esercizio il controllo bianco (l'NTC) risulta contaminato, con una singola banda di un migliaio (1100 circa) di bp.
Escludo la contaminazione dei miei reagenti, perch� non l'ho mai vista nelle altre reazioni degli altri esercizi.
Ah, la banda che vedo nell'NTC non c'� negli amplificati dei campioni di DNA

Ho ripetuto l'esercizio dopo qualche giorno e il risultato � sempre decisamente identico:6-7 bande (tra le 100 e le 600 bp) nei campioni di DNA e la banda contaminante nell'NTC.

Io direi che il contaminante � presente nella fialetta dei primers che mi ha inviato la VEQ... per� non vedo questa banda nelle reazioni che contengono DNA...

E' possibile che il contaminante si degradi nelle reazioni dove ho messo il DNA?

HELP! :D
Grazie