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limpet83
Nuovo Arrivato
2 Messaggi |
 Inserito il - 22 agosto 2010 : 19:21:52
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Sono alle prime armi con la biologia molecolare seria...per cui mi scuso per questa domanda che per voi potrà essere banale.
Come si fa, tecnicamente, a cercare i geni di una proteina nel genoma, una proteina legata a un determinato carattere fenotipico, per esempio?
vorrei sapere i vari passaggi, in sintesi...grazie...
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syd87
Nuovo Arrivato
24 Messaggi |
 Inserito il - 23 agosto 2010 : 12:24:07
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| la domanda non è formulata benissimo, ma credo di aver capito....potresti individuare un dato gene che codifica per una data proteina facendo delle mutazionioni sul gene e vedere il fenotipo risultante.. cmq questo è un esempio molto astratto che si può fare ad esempio con batteri(mutanti nutrizionali) |
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zerhos
Utente Junior
Prov.: Pisa
Città: Pisa
421 Messaggi |
Inserito il - 23 agosto 2010 : 15:01:33
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se di questo gene te non sai nulla,sai soltanto che vuoi indagare come si manifesti un certo fenotipo,bisogna partire da lontano.
si fa una preliminare analisi di linkage che ti permette di capire con buona probabilità qual è la regione genomica implicata con la comparsa di quel fenotipo,come fai?
ammettiamo che te del genoma nn sappia ancora nulla,tipo come sono disposti la maggior parte dei geni ecc,
1)però conosci la distribuzione esatta lungo il genoma di una serie di marker(in genere microsatelliti),che sn piccole sequenze di DNA.
2)devi poi ricordare che 2 sequenze di DNA più sono vicine e più hanno una probabilità di essere ereditate assieme,perchè la probabilità che il crosing over caschi tra le due è direttamente proporzionale alla distanza che le separa.
ciò detto,cominci a notare che tutti gli individui che presentano il fenotipo oggetto di studio,presentano anche un determinato marker e sempre quello,quindi per la 2) ipotizzi che la regione genomica deputata alla comparsa di quel fenotipo sia nelle vicinanze di quel marker che compare sempre,di quest ultimo sai anche la disposizione nel genoma 1).
in questa maniera ti sei riuscita ad isolare la regione genomica dove si nasconde il gene che causa quel fenotipo,
ora devi analizzare questa sequenza,che generalmente è sempre molto grande,quindi ci sn più geni definiti "candidati".
oggi come oggi con un analisi bioinformatica sei in grado grosso modo di ricostruire questa regione genomica isolata.ci sn diversi algoritmi di predizione genica,che ti dicono quali sequenze sn dei geni e quali no.Il passo successivo è capire quali di questi geni effettivamente causa quel fenotipo,e come?
fai delle analisi funzionali( in genere knock-out,RNAì,morfolino,resque) come detto anche da SYD87,prendi uno di questi geni e lo spengi e vedi se una sua mancanza porta alla scomparsa o cmq alterazione di quel fenotipo,è chiaro quindi che questo è il gene coinvolto con la comparsa di tale fenotipo(magari se alteri gli altri,nn hai alterazione alcuna del fenotipo invece).
è chiaro che ho fatto una sintesi assurda di un processo che è lunghissimo,in molti punti sn stato forse volutamente inesatto per evitare di dilungarmi troppo,se ne vuoi sapere di più si approfondisce. |
"l'unica differenza tra me e un pazzo è che io non sono pazzo!"
Salvador.Dalì
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