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SDSone
Nuovo Arrivato


Prov.: si
Cittā: siena


17 Messaggi

Inserito il - 29 settembre 2010 : 09:28:12  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di SDSone Invia a SDSone un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti, premetto che non sono un bioinformatico, ma nel mio lavoro mi sto occupando dell'espressione di geni in vari stadi di sviluppo in vitis vinifera, il mio problema č partendo dalla sequenza proteica alla sequenza dell' mRNA corrispondente.
potreste indicarmi se esiste un software oppure un sito dove posso avere questa conversione.
spero di essere stato abbastanza chiaro.
grazie per l'aiuto.

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 04 ottobre 2010 : 23:00:03  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
una soluzione possibile č quella di calcolare tutti i possibili mRNA capaci di codificare la sequenza proteica. Una cosa del genere si puo fare con vari programmi, per esempio questo: http://www.attotron.com/cybertory/analysis/trans.htm (mai provato) o altri su Expasy.org, EBI, EMBOSS. Il problema č che questo ti genera un insieme di possibili mRNA, o una predizione dell'mRNA piu' probabile, ma non vi sará modo di sapere quale č l'mRNA corretto.

La soluzione piú elegante perķ č utilizzare Blast o un altro programma di allineamento per allineare la sequenze proteica al genoma o al trascrittoma (se č sufficentemente ben annotato) della specie di origine. In questo modo identificherai anche la possibile regione codificante.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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