Ci sono varie possibilità.
In generale potresti andare a guardare l'mRNA o le proteine che derivano dai vari splicing.
Per l'mRNA puoi fare una PCR usando diverse coppie di primers specifiche per le varie isoforme, oppure la stessa coppia che ti dia risultati diversi.
Ad es:
I II III IV V
|--------xxxx-----------xxxxxxx------xxxx--------xxxx---| gene (introni indicati con x)
I II III IV V
|--------|-----------|------|--------|---| isoforma I (500bp)
I II IV V
|--------|-----------|--------|---| isoforma II (400bp)
I III IV V
|--------|------|------|---| isoforma III (250bp)
In questo caso se usi una coppia di primer sugli esoni I e IV potrai riconoscere tutte e 3 le isoforme, otteneno però 3 prodotti di lunghezza diversa.
Se però vuoi fare una cosa quantitativa la PCR non va bene, e devi usare una realtime. In quel caso la cosa può essere più complicata, dovresti avere (x l'esempio):
forward primer su I + reverse su II, III e IV
In questo modo avresti la quantità totale (I+IV) + la quantità nelle varie isoforme (I+III), (I+IV).
L'altra idea è quella di fare un western blotting/immunoprecipitazione/IIC/IHC (insomma qualcosa con le proteine) se hai anticorpi specifici x le varie isoforme.
splicing alternativo
Didattica
Inserito il - 15 settembre 2006 : 15:59:45
