Si esiste! Questo è l'articolo originale: http://hmg.oxfordjournals.org/content/1/7/541.extract
Praticamente si utilizza per individuare mutazioni puntiformi che non alterano siti di restrizione, in sostanza si crea un RFLP ad hoc.
Si utilizza un primer che è complementare alla sequenza sia del wt che del mutato ma porta un mismatch qualche base dopo rispetto al SNP. Quindi l'amplificato (sia del wt che del mut) avrà una mutazione dovuta a questo mismatch, nel mutato questa mutazione più la mutazione che genera SNP generano un sito di restrizione per un ER, quindi posso fare una RFLP e distinguere in base alla lunghezza dei frammenti il polimorfismo presente.
es. poniamo di avere un polimorfismo A/T (uso N, X e Y per il resto della sequenza per semplificare le cose)
seq. wt NNNNNNAXXXXNNNN
seq. mut NNNNNNTXXXXNNNN
primer XXYXNNNN
nella sequenza amplificata avrò:
seq. wt NNNNNNAXXYXNNNN --> AXXY non è riconosciuta dall'ER
seq. mut NNNNNNTXXYXNNNN --> TXXY è riconosciuta dall'ER
Mismatch PCR??
Didattica
Inserito il - 14 novembre 2010 : 16:04:52
