Quanto è utile/interessante questa discussione:
| Autore |
Discussione |
|
|
Luis 22
Utente
Città: Bari
755 Messaggi |
 Inserito il - 22 settembre 2006 : 23:05:38
|
Ho trovato che le proteasi possono catalizzare l'idrolisi del legame ammidico per due diverse vie, una indiretta (con l'attacco nucleofilo da parte di un residuo di Ser o Thr o Cys) ed una via diretta (mediante l'acqua).
Ma da un punto di vista chimico e di reazioni quindi, come si distinguono i due modi?
|
 
La vita e i sogni sono fogli di uno stesso libro. Leggerli in ordine è vivere, sfogliarli a caso è sognare. (Arthur Schopenhauer)& |
|
|
|
|
Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
 Inserito il - 23 settembre 2006 : 01:33:33
|
Francamente io ho sentito sempre e solo
parlare della "prima via" da te citata.
Ad esempio: nelle serin proteasi la serina funzionale,
per diventare un nucleofilo “aggressivo”deve essere
deprotonata: nonostante il suo pKa elevato non lo permetta
facilmente, l’enzima ci riesce attraverso una catena “relaìs”
di ponti idrogeno (che coinvolge sempre un'istidina).
In tutti i casi (serina , treonina, cisteina)
dopo l'attacco nucleofilo, l’estremità carbossilica del
peptide substrato rimane esterificata all'enzima formando
un intermedio (mentre la porzione amminica tagliata se ne va)
e l’idrolisi dell’estere richiede la famosa molecola l’acqua.
Se esiste una 'seconda via' come dici tu, si potrebbe supporre
che il substrato venga "immobilizzato" in uno stadio intermedio
più facilmente attaccabile dall'acqua: ad esempio il carbonio
substrato (cioè quello che si trova tra il carbonio alfa e
l'atomo di azoto in un qualsiasi peptide) potrebbe venire reso
ancora più elettrondeficiente, per esempio - ipotizzo -
avvicinando un gruppo carico positivamente all'atomo di ox.
così:
C=O (+)Enz
diventa
C(+)--O(-) (+)Enz
Non l'ho inventato a caso: è'un tipo di meccanismo
abb ricorrente nelle idrolasi...anche se non l'ho
mai sentito applicare a peptidasi prova a confrontare
con il meccanismo del lisozima, secondo me può aiutarti.
 |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
|
 |
|
|
AleXo
Moderatore
Prov.: Estero
Città: San Francisco, California
1550 Messaggi |
Inserito il - 23 settembre 2006 : 02:10:10
|
le metallopeptidasi e le asparticopeptidasi usano una molecola d’acqua attivata come nucleofilo...
di fatto tutte le proteasi sono idrolasi! |
 |
|
|
|
Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 23 settembre 2006 : 12:37:45
|
Ecco  di quei due tipi di proteasi non
ho mai visto il meccanismo...
In effetti non ho pensato che potrebbero semplicemente
trasformare l'acqua in ione idrossido per attivarla,
senza per questo togliere l'ulteriore stabilizzazione
del peptide ad un intermedio più 'attaccabile'...
Potrei sbagliarmi, ma credo che le caspasi facciano così... |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
|
|
|
|
kORdA
Utente Attivo
Prov.: Milano
Città: Monza
1303 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2006 : 08:56:46
|
Citazione:
Messaggio inserito da Dionysos
Ecco di quei due tipi di proteasi non
ho mai visto il meccanismo...
In effetti non ho pensato che potrebbero semplicemente
trasformare l'acqua in ione idrossido per attivarla,
senza per questo togliere l'ulteriore stabilizzazione
del peptide ad un intermedio più 'attaccabile'...
Potrei sbagliarmi, ma credo che le caspasi facciano così...
non so se l'acqua venga effettivamente deprotonata...
Ad ogni modo il meccanismo di reazione delle metallo- e delle aspartil-proteasi non e' molto diverso dalle proteasi "tradizionali". In pratica il metallo di transizione (o l'aspartato, a seconda del caso) coordina una molecola d'acqua accentuandone il suo dipolo e, di conseguenza, viene accentuato il carattere nucleofilo della molecola.
Appena la trovo postero' pure una immagine col meccanismo di reazione (purtroppo ho solo le fotocopie cartacee degli appunti) |
http://www.linkedin.com/in/dariocorrada |
|
|
|
Dionysos
Moderatore
Città: Heidelberg
1913 Messaggi |
Inserito il - 26 settembre 2006 : 15:13:26
|
Citazione:
il meccanismo di reazione delle metallo- e delle aspartil-proteasi non e' molto diverso dalle proteasi "tradizionali". In pratica il metallo di transizione (o l'aspartato, a seconda del caso) coordina una molecola d'acqua accentuandone il suo dipolo e, di conseguenza, viene accentuato il carattere nucleofilo della molecola.
Hai ragione Korda, non sarebbe strano: in fondo
anche le alcol-deidrogenasi si servono di Zinco o altri
metalli per 'stabilizzare' il dipolo OH, cioè abbassarne
l'energia libera di transizione, senza però deprotonarlo
completamente (almeno: non durante lo stadio di transizione).
E' un po' quello che succede nelle proteasi tradizionali
(ad es. nei confronti dell'OH serinico catalitico) grazie
a residui a carica positiva, come l'istidina deprotonata,
anzichè analoghi cationi metallici. |
Volere libera : questa é la vera dottrina della volontà e della libertà
(F.W. Nietzsche)
Less Jim Morrison, more Sean Morrison!
|
|
|
| |
Discussione |
|
|
|
Quanto è utile/interessante questa discussione:
| MolecularLab.it |
© 2003-18 MolecularLab.it |
|
|
|
Idrolisi di proteasi
Didattica
