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valeriamassa
Nuovo Arrivato

Prov.: Milano
Citt�: milano

64 Messaggi

Inserito il - 24 settembre 2006 : 13:52:57

Ciao a tutti! Vorrei tanto un aiuto per capire cosa sia l'analisi di linkage! Su questo forum ho letto delle descrizioni molto chiare ed esplicative, proprio quello di cui avrei bisogno ora..Non ho ben capito cosa voglia dire LOD score, multipoint analysis.. So che ci sono dei software (SLINK) che ti aiutano a capire se puoi individuare il locus responsabile del tratto fenotipico che stai studiando, ma come si usano?
Ringrazio in anticipo chiunque sia cos� gentile da darmi una mano..
Vale

valeria

chick80
Moderatore

Citt�: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 24 settembre 2006 : 21:01:28

L'idea alla base delle analisi di linkage � che due geni che siano vicini tra di loro sono pi� facilmente ereditati insieme di due geni che sono invece lontano.
Utilizzando questa idea puoi fare quello che si chiama linkage maping che essenzialmente permette di determinare la distanza fra i geni.
Si introduce quindi il centimorgan che � la distanza per cui hai un 1% di ricombinazione durante la meiosi.
Se in una popolazione la ricombinazione fra due loci avviene in percentuale maggiore di quella teorica si parla di disequilibrio di linkage (vedi http://en.wikipedia.org/wiki/Linkage_disequilibrium)

La LOD score � un parametro che ti indice se due geni hanno linkage e si calcola come:


             % di individui che hanno ereditato i tratti insieme
LOD = log ---------------------------------------------------------
          % di individui che non hanno ereditato i tratti insieme

Se LOD > 3 puoi dire che hai linkage tra i 2 geni perch� la probabilit� di avere un individuo che ha ereditato i geni insieme per caso (e non perch� hanno linkage) � minore di 1/1000 (log 1000 = 3).

SLINK non ho idea di cosa sia, lascio la risposta ai bioinformatici

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Maty
Nuovo Arrivato

Prov.: Bologna

3 Messaggi

Inserito il - 24 settembre 2006 : 23:15:05

L'analisi di linkage risulta molto utile quando si deve mappare un gene malattia, specialmente se questo gene � in linkage con un sts.

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 26 settembre 2006 : 19:27:53

SLINK � un programma (da linea di comando) usato se non mi sbaglio per prevedere l'opportunit� di un'analisi di linkage... pi� precisamente: http://linkage.rockefeller.edu/soft/slink.html

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)