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dirac80
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
 Inserito il - 11 gennaio 2011 : 16:01:50
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Ciao ragazzi,
non sono un esperto di bioinformatica. Mi servirebbe un consiglio. Ho effettuato un allineamento locale Smith-Waterman di due proteine. Queste due proteine non hanno funzioni comuni, ne collegamenti filogenetici. Una è un carrier(4500aa) e l'altra un'enzima(260aa). Per la scelta della matrice di sostituzione ho utilizzato questo metodo (ditemi se secondo voi è utile):
1)Ho allineato le due sequenze globalmente con varie matrici di sostituzione Blosum(40-50-62).
2)Ho calcolato il rapporto tra la lunghezza media delle due sequenze e il valore di identità trovato dall'allineamento.
3)La matrice scelta sarà quella con l'indice più vicino al punteggio ottenuto.
Una volta scelta la matrice di sostituzione ho effettuato l'allineamento locale con un'alta penalty per l'estensione del gap ed ho trovato che c'è una zona lunga 255 che meglio si allinea con i seguenti risultati:
Identity: 49/255 (19.2%)
Similarity: 115/255 (45.1%)
Gaps: 21/255 ( 8.2%)
Score: 105.0
Considerando che le due proteine presentano anche analogie in questa zona di struttura secondarie, sono praticamente costituite prevalentemente da strutture alfa, questo score è buono? Secondo voi bisogna dare risalto alla similarità oppure allo score? Grazie, a presto
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dallolio_gm
Moderatore
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Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 12 gennaio 2011 : 10:21:08
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A che domanda vuoi rispondere esattamente?
L'allineamento ti permette di sapere se due proteine hanno una sequenza simile e una possibile origine comune. Dalle tue premesse, hanno funzione diversa e origine diversa... che cosa ti aspetti di vedere dall'allineamento?
L'unica cosa che puoi vedere con l'allineamento locale è se queste proteine hanno qualche dominio o regione in comune. Dai risultati sembrerebbe possibile; peró, l'unico modo per essere sicuri è guardare l'allineamento. Infine, ricorda che blast esegue solo l'allineamento a livello di sequenza e non sulla struttura secondaria. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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dirac80
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 12 gennaio 2011 : 15:26:10
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Ciao,
mi aspetto di vedere se hanno una regione in comune (una regione che lega un ormone). Vorrei comprendere quanto è attendibile il risultato e cosa focalizzare eventualmente in un articolo (lo score o la similarità). Per quando riguarda l'allineamento sò bene che ho solamente informazioni relative alla struttura primaria. Quello che volevo dire inoltre è che le previsioni di struttura secondaria del peptide carrier (4500aa) mostrano che la zona che ben si allinea con l'enzima, è un dominio costituito prevalentemente da strutture secondarie alfa. Inoltre dell'enzima esiste la struttura terziaria ed esso è praticamente tutto alfa. Quindi il mio intento vorrebbe essere questo:
1)C'è un buon allineamento, poiché c'è un'alta similarità fra le due strutture primarie.
2)Questa regione nel carrier è un dominio costituito prevalentemente da strutture alfa.
3)L'enzima è anch'esso tutto alpha.
4)Speculazione: l'ormone che lega l'enzima lega anche il carrier in questa zona.
Naturalmente accanto a queste prove di bioinformatica ci sono dati sperimentali che supportano questi risultati. In conclusione, secondo voi cos'è più importante lo score o la similarità. A presto, ciao. |
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 13 gennaio 2011 : 09:57:15
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Prova a farlo in questa maniera:
- allinei le sequenze delle due proteine su prosite, una alla volta. Questo ti dovrebbe dire quali domini conosciuti sono presenti nelle due sequenze. Puoi anche giocare con pfam e altri database.
- dopodichè puoi provare con Swiss-Model, per ottenere un modello della struttura terziaria delle due proteine. Se cerchi nella letteratura puoi trovare anche molti tool per predirre la struttura di una proteina o di un dominio, e altre cose.
Secondo me, è un po' debole affermare che, siccome il carrier ha molte strutture alpha, deve avere una funzione simile a quella dell'enzima. Quello che dovresti fare è ottenere un modello, come un file pdb come mostri una predizione della struttura terziaria della proteina, e magari anche l'energia di legame con l'ormone. |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
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dirac80
Nuovo Arrivato
4 Messaggi |
Inserito il - 13 gennaio 2011 : 14:55:53
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| Per quanto riguarda la struttura terziaria prevista del carrier, quella già esiste, ci sono lavori di homology modelling che dimostrano che quel tratto di sequenza primaria effettivamente è un dominio costituito da alfa, prende il nome di dominio alfa-2. Per quanto riguarda l'energia di legame o se vuoi la k d'equilibrio dell'ormone con il carrier questa è già stata misurata ed è effettivamente confrontabile con quella dell'enzima, naturalmente l'energia di legame esatta non è nota perché nessuno ha fatto misure oppure simulazioni che ottengano dei valori assoluti. |
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