Ciao A tutti! premetto che non sono un biotecnologo e sto cercando di avvicinarmi a questo mondo..non è facile e ho qualche problema... Chiedo quindi se c'è qualcuno che con un po di pazienza è in grado di aiutarmi... Ho delle sequenze di DNA (ottenute da un semplice sequenziamento) e ora dovrei sistemarle per poi metterle in banca dati e capire cosa sono... Mi hanno detto che il programma giusto e Bioedit..ma come potete capire ho delle grosse difficoltà a usarlo... Usando Bioedit dovrei ( con l'aiuto delle sequenze dei primer) capire qual è quella forward e quella reverse, unirle per poi fare un BLAST. Qui mi sorgono diversi dubbi: prima di tutto come si fa?..le mie sequenze sono corte e quindi il sequenziamento dovrebbe coprirle bene..ma nel caso ne avessi una grande (per es di 1200pb)dovrei costruire io dei primer e rifare il sequenziamento? e poi? Grazie mille dell'aiuto!!
Citazione: Ho delle sequenze di DNA (ottenute da un semplice sequenziamento) e ora dovrei sistemarle per poi metterle in banca dati e capire cosa sono...
Io uso CLC sequence viewer http://www.clcbio.com/index.php?id=28 ma suppongo che BioEdit (che è un po' più vecchiotto) abbia delle funzioni abbastanza simili. Immagino che le sequenze di overlappano per piccoli tratti...Se è così devi fare un allineamento fra le varie sequenze, e il programma dovrebbe individuare le regioni simili. Se invece non si sovrappongono...allora non ho capito il problema
Citazione: le mie sequenze sono corte e quindi il sequenziamento dovrebbe coprirle bene..ma nel caso ne avessi una grande (per es di 1200pb)dovrei costruire io dei primer e rifare il sequenziamento? e poi?
sì, per regioni lunghe devi costruire più primer, fare più sequenziamenti e allinearli come detto sopra...
Ciao e grazie mille per la risposta! purtoppo mi rendo conto di avere un sacco di difficoltà anche nello spiegare... Bioedit mi è stato consigliato perchè io purtoppo non conosco niente..mi sto "rimboccando le maniche" cerco di spiegare meglio il mio problema: Il mio frammento è di 800pb e ho usato due primer per amplificarlo. il prodotto PCR l'ho inviato per il sequenziamento e ora una volta che ho ricevuto la sequenza lo dovrei sistemare per metterlo in banca dati e capire cosa ho sequenziato. Il mio problema è proprio pratico come faccio?.. sicuramente guarderò il programma che mi hai segnalato magari è più semplice di bioedit..se però hai anche qualche consiglio anche pratico per me sarebbe il massimo!!! grazie ancora!!
Citazione: e ho usato due primer per amplificarlo.
suppongo uno forward e uno reverse. Devi fare il "reverse complement" della sequenza reverse. Una volta ottenuta la nuova sequenza devi allinearla alla sequenza forward. Queste due funzioni credo si possano fare con BioEdit...