Bioedit-sequenziamento

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EmmaB
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 10 febbraio 2011 : 12:14:19

Ciao A tutti!

premetto che non sono un biotecnologo e sto cercando di avvicinarmi a questo mondo..non � facile e ho qualche problema...

Chiedo quindi se c'� qualcuno che con un po di pazienza � in grado di aiutarmi...
Ho delle sequenze di DNA (ottenute da un semplice sequenziamento) e ora dovrei sistemarle per poi metterle in banca dati e capire cosa sono...
Mi hanno detto che il programma giusto e Bioedit..ma come potete capire ho delle grosse difficolt� a usarlo...
Usando Bioedit dovrei ( con l'aiuto delle sequenze dei primer) capire qual � quella forward e quella reverse, unirle per poi fare un BLAST.
Qui mi sorgono diversi dubbi:
prima di tutto come si fa?..le mie sequenze sono corte e quindi il sequenziamento dovrebbe coprirle bene..ma nel caso ne avessi una grande (per es di 1200pb)dovrei costruire io dei primer e rifare il sequenziamento? e poi?
Grazie mille dell'aiuto!!

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 10 febbraio 2011 : 14:35:21

Ciao EmmaB e benvenuta sul forum.

Citazione:

Ho delle sequenze di DNA (ottenute da un semplice sequenziamento) e ora dovrei sistemarle per poi metterle in banca dati e capire cosa sono...

Io uso CLC sequence viewer
http://www.clcbio.com/index.php?id=28
ma suppongo che BioEdit (che � un po' pi� vecchiotto) abbia delle funzioni abbastanza simili.
Immagino che le sequenze di overlappano per piccoli tratti...Se � cos� devi fare un allineamento fra le varie sequenze, e il programma dovrebbe individuare le regioni simili.
Se invece non si sovrappongono...allora non ho capito il problema

Citazione:

le mie sequenze sono corte e quindi il sequenziamento dovrebbe coprirle bene..ma nel caso ne avessi una grande (per es di 1200pb)dovrei costruire io dei primer e rifare il sequenziamento? e poi?

s�, per regioni lunghe devi costruire pi� primer, fare pi� sequenziamenti e allinearli come detto sopra...

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...

EmmaB
Nuovo Arrivato

2 Messaggi

Inserito il - 10 febbraio 2011 : 16:32:20

Ciao e grazie mille per la risposta!

purtoppo mi rendo conto di avere un sacco di difficolt� anche nello spiegare...
Bioedit mi � stato consigliato perch� io purtoppo non conosco niente..mi sto "rimboccando le maniche"

cerco di spiegare meglio il mio problema:
Il mio frammento � di 800pb e ho usato due primer per amplificarlo. il prodotto PCR l'ho inviato per il sequenziamento e ora una volta che ho ricevuto la sequenza lo dovrei sistemare per metterlo in banca dati e capire cosa ho sequenziato.
Il mio problema � proprio pratico come faccio?..
sicuramente guarder� il programma che mi hai segnalato magari � pi� semplice di bioedit..se per� hai anche qualche consiglio anche pratico per me sarebbe il massimo!!!
grazie ancora!!

domi84
Moderatore

Citt�: Glasgow

1724 Messaggi

Inserito il - 10 febbraio 2011 : 17:54:26

Citazione:

e ho usato due primer per amplificarlo.

suppongo uno forward e uno reverse. Devi fare il "reverse complement" della sequenza reverse. Una volta ottenuta la nuova sequenza devi allinearla alla sequenza forward. Queste due funzioni credo si possano fare con BioEdit...