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ki4rett4
Nuovo Arrivato



35 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2011 : 21:39:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ki4rett4 Invia a ki4rett4 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao a tutti ragazzi spero possiate aiutarmi in quest' esercizio di programmazione in R. L' esercizio dice così:
Per il seguente motif: A(2,4)T
scrivere la funzione conta(dna) che restituisce il numero di occorrenze del motif all' interno del dna passato come variabile di input.

Di solito non ho difficoltà a svolgere questo tipo di esercizio se nel motif ci sono solo lettere(A,T,C,G) e parentesi quadre e graffe....ma in questo caso non capisco per cosa sta (2,4), non capisco come devo rappresentare questi numeri in parentesi tonde.
Io lo svolgo così:

conta<-function(dna)
  contatore<-0
  indiceMax<-length(dna)-2
  for(i in c(1:indiceMax)){
    if(dna[i]=="A"............................................&dna[i+2]){
      contatore<-contatore+1
    }
  }
  return(contatore)
}

Penso che anche l' espressione: length(dna)-2 è sbagliata perchè non so quanto è lungo il motif, penso 3 per questo ho fatto -2; e anche le posizioni delle basi di conseguenza(dna[i]).

Spero tanto che possiate darmi una mano, mi sareste di grande aiuto!!
Grazie mille a tutti anticipatamente

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2011 : 21:44:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Penso che A(2,4) sia una specie di espressione regolare. Vuol dire che la A puó essere presente da 2 a 4 volte; ovvero, devi scrivere una funzione che possa cercare AAT, AAAT, o AAAAT, probabilmente in modo da poter espandere la funzione ad altri tipi di motivi.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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ki4rett4
Nuovo Arrivato



35 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2011 : 22:03:15  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di ki4rett4 Invia a ki4rett4 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Sulle slide del professore c è scritto che le parentesi tonde indicano l’intervallo di basi qualsiasi che possono comparire in tali posizioni...quindi forse vuol dire che ci possono essere o 2 o 3 o 4 basi qualsiasi e l' ultima deve essere una T....ma non so come dovrei svolgerlo quando vado ad usare la funzione IF!!
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chick80
Moderatore

DNA

Città: Edinburgh


11491 Messaggi

Inserito il - 15 febbraio 2011 : 23:34:27  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di chick80 Invia a chick80 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
So di aver già dato questa risposta... ma qui davvero gregexpr è l'unica soluzione (l'unica sana di mente almeno!) da utilizzare.

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