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carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2006 : 09:06:12

Ho un problema stupido ma che mi piacerebbe capire
Se tramite ncbi/entrez cerco GRB2 AND [Organism]Homo Sapiens
ottengo una sola entry.

Non esce questa
NM_002086
Homo sapiens growth factor receptor-bound protein 2 (GRB2), transcript variant 1, mRNA
gi|45359857|ref|NM_002086.3|[45359857]

Per quale motivo?????

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Citt�: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2006 : 10:17:06

uhm, sicuro di fare la ricerca sul database Nucleotide e non quello Gene?

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

carlo4567
Nuovo Arrivato

Prov.: roma
Citt�: roma

40 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2006 : 10:59:55

S� ho effettuato la ricerca sul database giusto.
Ecco il link

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=nucleotide&cmd=search&term=GRB2+AND+%5BOrganism%5DHomo+Sapiens

GFPina
Moderatore

Citt�: Milano

8408 Messaggi

Inserito il - 11 ottobre 2006 : 11:54:15

Ciao Carlo � sbagliata la sintassi con cui hai fatto la ricerca:
non devi scrivere: [Organism] Homo Sapiens
ma: Homo Sapiens[Organism]

poi se vuoi evitare che ti vengano fuori una serie di altre cose che c'entrano poco
aggiungi ad es. [Title] dopo GRB2

ad es. se fai questa query: GRB2 [Title] AND Homo Sapiens [Organism]
ottieni 16 sequenze e se guardi solo le RefSeq ne hai due:
NM 203506
Homo sapiens growth factor receptor-bound protein 2 (GRB2), transcript variant 2, mRNA
gi|45359858|ref|NM_203506.1|[45359858]

NM_002086
Homo sapiens growth factor receptor-bound protein 2 (GRB2), transcript variant 1, mRNA
gi|45359857|ref|NM_002086.3|[45359857]

Ciao