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Triki85
Nuovo Arrivato

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Città: salento


12 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 12:37:40  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ragazzi è urgente,
sto ultimando la tesi...
bene su alcuni libri vedo indicata le heat shock protein come HSP
su altri Hsp...come posso muovermi per non sbagliare??

io ho a che fare con il gene mutL, e la proteina la indico MutL, sbaglio???

vi riporto un passo di un articolo che mi serve:
le proteine MMR appartengono alla classe GHL (gyrase b/ heat-shock protein 90 (hsp90)/MutL.
su questo articolo non capisco se indicare hsp90 come gene quindi in corsivo minuscolo oppure come proteina in maiuscolo.

aspetto chiarimenti
grazie

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 14:33:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In genere is usa il nome in uppercase (HSP) e corsivo per indicare il gene, mentre si usa solo la prima lettera maiuscola e il resto minuscolo per le proteine (Hsp).

Anche se a dire a veritá, guardando le linee guida di HGNC (l'organismo che decide i nomi ufficiali delle proteine) mi sto rendendo conto che è molto piu' complicato.

In ogni caso, se hai dubbi, puoi controllare su uniprot (esempio) o su HGNC. L'importante è usare sempre la stessa convenzione.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
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Triki85
Nuovo Arrivato

Prov.: salento
Città: salento


12 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 14:40:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
DOvrebbe essere una convenzione rigida, ma c'è molta confusione...
aspettò ulteriori aiuti
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 15:16:57  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Innanzitutto la cosa fondamentale è: "di che organismo stiamo parlando?"

Quello che ha indicato dallolio si riferisce "solo" all'Uomo mentre quello che dici tu Triki85:
Citazione:
gene quindi in corsivo minuscolo oppure come proteina in maiuscolo.

è la nomenclatura utilizzata per i batteri!

Qua trovi delle informazioni più dettagliate: Gene nomenclature - Bacteria and archaea, Fungi, Plants, Animals, Saccharomyces cerevisiae (budding yeast or baker's yeast)
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Triki85
Nuovo Arrivato

Prov.: salento
Città: salento


12 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 15:18:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Escherichia coli
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Triki85
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Prov.: salento
Città: salento


12 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 15:22:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Grazie mille GFPina
grazie dallolio_gm
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 15:28:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ah beh allora devi utilizzare la nomenclatura che hai detto tu:
- gene: minuscolo corsivo
- proteina: iniziale maiuscola e non corsivo

quindi:
Citazione:
io ho a che fare con il gene mutL, e la proteina la indico MutL, sbaglio???

sarebbe:
gene mutL, proteina MutL

per quanto riguarda questo:
Citazione:
le proteine MMR appartengono alla classe GHL (gyrase b/ heat-shock protein 90 (hsp90)/MutL.
su questo articolo non capisco se indicare hsp90 come gene quindi in corsivo minuscolo oppure come proteina in maiuscolo.

non ho capito bene la questione, sull'articolo esattamente come è scritto?
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Triki85
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Prov.: salento
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12 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 15:37:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
c'è scritto quanto segue...
The MMR protein has been shown to belong to the GHL (gyrase b/heat-shock protein 90 (hsp90)/MutL) ATPase superfamily that includes DNA topoisomerase II and hsp90.
Io ho tradotto:
le proteine MMR appartengono alla classe GHL (gyrase b/ heat-shock protein 90 (hsp90)/MutL.


su questo articolo non capisco se indicare hsp90 come gene quindi in corsivo minuscolo oppure come proteina in maiuscolo.
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Triki85
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Inserito il - 17 marzo 2011 : 15:50:20  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
continuando
le proteine MMR appartengono alla classe GHL (gyrase b/ heat-shock protein 90 (hsp90)/MutL) rientrano nella super famiglia delle ATPasi che include la DNA topoisomerasi II e hasp90.
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Triki85
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Prov.: salento
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12 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 16:04:09  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
aggiungo una cosa separata da quella riportata sopra:
poichè nell'introduzione parlo di studi riferiti all'uomo su HSP
la proteina la indico HSP o Hsp?
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


8408 Messaggi

Inserito il - 17 marzo 2011 : 16:11:19  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
In effetti probabilmente sarebbe più corretto scriverlo come Hsp90.
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Triki85
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Inserito il - 17 marzo 2011 : 16:23:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Triki85 Invia a Triki85 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
quindi Hsp90 articolo lo scrivo in questo modo perchè anch'io penso si riferisse alla proteina...
per quanto riguarda gli studi sull'uomo, in dico la proteina come Hsp90

ho il terrore perchè nel mio dipartimento ho una prof fissata con le convenzioni, semmai dovesse leggere la tesi in qualità di controrelatore mi affonderebbe..
lei usa indistintamente HSP90 per le proteine
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