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Vars
Nuovo Arrivato
44 Messaggi |
 Inserito il - 25 marzo 2011 : 11:28:07
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ciao..devo fare un esercizio riportando la sequenza generata con sequence analysis in un fogli di lavoro excel...come si fa? so come fare l'esercizio, però non so come aprire il file excel con la sequenza..
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dallolio_gm
Moderatore
Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna
2445 Messaggi |
Inserito il - 25 marzo 2011 : 11:29:50
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| Difficile risponderti senza maggiori informazioni. Per esempio, potresti postare un link alla home page di questo software 'sequence analysis'? |
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-) |
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domi84
Moderatore
Città: Glasgow
1724 Messaggi |
Inserito il - 26 marzo 2011 : 00:43:38
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Incollo il nuovo post di Vars, in modo da continuare:
"ciao..ho già fatto una domanda simile, ma mi sa che non mi sono spiegato bene..allora genero una sequenza nucleotidica random con sequence analysis..poi devo calcolare la frequenza di dinucleotidi e il mio professore ha detto che dobbiamo fare ciò usando un foglio di lavoro excel..qualcuno può spiegarmi come devo fare? nn ci riesco, inoltre, se voglio usare direttamente compseq non mi trovo con alcuni dati..per esempio, exp frequency di ogni dinucleotide dovrebbe essere sempre 0.0625, perchè invece mi compseq mi da risultati diversi per ogni coppia?" |
Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato... |
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ohsorbole
Nuovo Arrivato
Prov.: Bologna
Città: Bologna
15 Messaggi |
Inserito il - 29 marzo 2011 : 15:33:30
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C'è un modo artigianale per calcolare il numero di coppie di nucleotidi (se è quello che devi fare), non so se è quello che aveva in mente il prof.
Copi la sequenza in un foglio Excel (ma anche Word va bene), la selezioni, poi fai Modifica -> Trova e seleziona -> Sostituisci -> nella scheda Sostituisci scrivi, ad esempio, TA dove ti dice Trova -> clicchi Sostituisci tutto. A questo punto ti compare una finestrina che dice quante sostituzioni ha fatto. Quello è il numero di TA che c'erano nella sequenza.
I dinucleotidi possibili sono 16, se li si considera tutti equiprobabili la frequenza di ognuno è 1/16=0.0625, ma in una sequenza reale ci si aspetta che le frequenze siano diverse (pensa ad esempio alle sequenze AT-rich, in cui saranno molto frequenti AT, AA, TT e TA o i loro complementari, se si legge in senso inverso). In una sequenza generata artificialmente tirando le basi a caso, se la sequenza è abbastanza lunga ci si avvicinerà ad avere tutti 0.0625, ma comunque ci sarà qualche scarto dovuto al caso. |
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Vars
Nuovo Arrivato
44 Messaggi |
Inserito il - 30 marzo 2011 : 19:29:43
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| si era questo, grazie mille! |
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