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gbarutello
Nuovo Arrivato
10 Messaggi |
 Inserito il - 04 aprile 2011 : 21:14:54
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Ciao, leggevo una vecchia discussione in cui una ragazza chiedeva come disegnare primer per questa sequenza(N.B. è scritta in senso 3'-5')..adesso ho capito come si fa, ma non capisco il motivo per cui lei disegnava il forward dal NT 15 al 35 della sequenza e il reverse dalla tripletta TCC alla terz'ultima fila. (Dovrebbero risultare in grassetto le parti di sequenza su cui lei voleva disegnare i primers)
Ma perchè proprio da quei punti lì e non dall'inizio al 3' il forward e dal 5' il reverse?
Spero di essermi spiegata
Grazie..
3’GAGCGGCCGCCCGGGCAGGTCTTAGAATTCAGCGGCCGCTGAATTCTAGGTGCTGCCGGAGACCTCAGGG
CCCCTTAAAGAGGACCCATTCCCCTGTAGACCAGTCTCTGTCCCCTGCAAGCTTTACCTGCATTCTTGCCCATG
GCGCTTCCCATTTTCTGTGTGTTCTTATCTCCCTCACTTAACTCTCTGTTCCTGTGTCTTCATTCTATGAGCTGGA
CTGAGGCCTTGGGTGGGAAAGTGGGCTCTGTATTCTATTCCGTGCCTAACCCAGCGCCTCCTTCTTGTGTCTT
TCTCCCTCTCTAGCCTATCTGGTCAGTCAGGCAACCGATCTTCCTCAGGATCATTGATCTCTGTACCTCCAGGG
GCAGTGAACCTTCCTTTCCCTGGGATAATCCTCAAGGCTCACTGATCAAACCTTTGGGCTTGGTTCACAGGTTA
GGTCTATGTCAGTACGCGACATCAGATATTTGTGTTCGTC 5’
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 04 aprile 2011 : 23:14:04
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Forse sarebbe stato meglio continuare in quella discussione o almeno mettere il link, comunque sia è questa: http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=16517
Se vuoi che una parte del tuo testo sia in grassetto devi includerla tra il tag [b ] [/b], non basta copiarla e incollarla, in ogni caso ho corretto il tuo messaggio mettendo le parti in grasseto.
Per rispondere alla tua domanda, la domanda originale diceva semplicemente:Citazione:
“Scrivere la sequenza dei primers che useresti per amplificare questa sequenza di DNA utilizzando una reazione di PCR”
quindi non è necessario amplificarla tutta, ma semplicemente trovare dei primers che siano specifici per quella sequenza. Quindi si tratta di trovare delle "buone zone" dove disegnare i primers e di certo ad es. la regione iniziale non è una buona scelta visto che è una sequenza ricca in GC: "GAGCGGCCGCCCGG" un primer disegnato in quella posizione avrebbe molti problemi: Tm molto alta, altissima probabilità di formare dimeri e hairpin...
L'utente dell'altra discussione ha cercato delle regioni adatte basandosi sui criteri per disegnare i primers, come lei stessa ha scritto:
Citazione:
Messaggio inserito da Vanilla Sky
Tenendo conto dei vari criteri di scelta dei primers, ho provato a disegnarli...
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