Ciao..mi aiutate a rispondere a questa domanda? Esegui l'allineamento globale dei due cDNA di mouse e umano. Che percentuale di similarita' ottieni con la coppia di parametri gap opening penalty=5 e gap extension penalty= 1 ? Commenta brevemente il risultato. Che percentuale di similarita' ottieni con la coppia di parametri gap opening penalty=20 e gap extension penalty= 20 ? Noti particolarita' da commentare? Ti sembra di aver identificato gli esoni? sulle prime due domande ci sono..però alla terza non so rispondere..sono sicura di dover usare un programma basato su un algoritomo di tipo locale, ma per identificare esoni non dovrei considerare dna genomico e cdna? come è possibile identificare gli esoni comparando due cdna, visto che questi sono privi di sequenze introniche? facendo così troverei gli esoni comuni, ma la domanda non penso richieda questo..mi aiutate per favore?
le due sequenze sono queste : >ENSMUST00000023934 beta1 globin MOUse ACATTTGCTTCTGACATAGTTGTGTTGACTCACAACCCCAGAAACAGACATCATGGTGCA CCTGACTGATGCTGAGAAGGCTGCTGTCTCTGGCCTGTGGGGAAAGGTGAACGCCGATGA AGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCTTGGACCCAGCGGTACTT TGATAGCTTTGGAGACCTATCCTCTGCCTCTGCTATCATGGGTAATGCCAAAGTGAAGGC CCATGGCAAGAAAGTGATAACTGCCTTTAACGATGGCCTGAATCACTTGGACAGCCTCAA GGGCACCTTTGCCAGCCTCAGTGAGCTCCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAA CTTCAGGCTCCTGGGCAATATGATCGTGATTGTGCTGGGCCACCACCTGGGCAAGGATTT CACCCCCGCTGCACAGGCTGCCTTCCAGAAGGTGGTGGCTGGAGTGGCCGCTGCCCTGGC TCACAAGTACCACTAAACCCCCTTTCCTGCTCTTGCCTGTGAACAATGGTTAATTGTTCC CAAGAGAGCATCTGTCAGTTGTTGGCAAAATGATAAAGACATTTGAAAATCTGTCTTCTG ACAAATAAAAAGCATTTATTTCACTGC
e se non chiedo troppo..Proponi una procedura alternativa che consenta secondo te di identificare correttamente gli esoni facendo il minor numero di errori.