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Vars
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Inserito il - 13 aprile 2011 : 18:59:13  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Vars Invia a Vars un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao..mi aiutate a rispondere a questa domanda?
Esegui l'allineamento globale dei due cDNA di mouse e umano. Che percentuale di similarita' ottieni con la coppia di parametri gap opening penalty=5 e gap extension penalty= 1 ? Commenta brevemente il risultato. Che percentuale di similarita' ottieni con la coppia di parametri gap opening penalty=20 e gap extension penalty= 20 ? Noti particolarita' da commentare? Ti sembra di aver identificato gli esoni?
sulle prime due domande ci sono..però alla terza non so rispondere..sono sicura di dover usare un programma basato su un algoritomo di tipo locale, ma per identificare esoni non dovrei considerare dna genomico e cdna? come è possibile identificare gli esoni comparando due cdna, visto che questi sono privi di sequenze introniche? facendo così troverei gli esoni comuni, ma la domanda non penso richieda questo..mi aiutate per favore?

le due sequenze sono queste :
>ENSMUST00000023934 beta1 globin MOUse
ACATTTGCTTCTGACATAGTTGTGTTGACTCACAACCCCAGAAACAGACATCATGGTGCA
CCTGACTGATGCTGAGAAGGCTGCTGTCTCTGGCCTGTGGGGAAAGGTGAACGCCGATGA
AGTTGGTGGTGAGGCCCTGGGCAGGCTGCTGGTTGTCTACCCTTGGACCCAGCGGTACTT
TGATAGCTTTGGAGACCTATCCTCTGCCTCTGCTATCATGGGTAATGCCAAAGTGAAGGC
CCATGGCAAGAAAGTGATAACTGCCTTTAACGATGGCCTGAATCACTTGGACAGCCTCAA
GGGCACCTTTGCCAGCCTCAGTGAGCTCCACTGTGACAAGCTGCATGTGGATCCTGAGAA
CTTCAGGCTCCTGGGCAATATGATCGTGATTGTGCTGGGCCACCACCTGGGCAAGGATTT
CACCCCCGCTGCACAGGCTGCCTTCCAGAAGGTGGTGGCTGGAGTGGCCGCTGCCCTGGC
TCACAAGTACCACTAAACCCCCTTTCCTGCTCTTGCCTGTGAACAATGGTTAATTGTTCC
CAAGAGAGCATCTGTCAGTTGTTGGCAAAATGATAAAGACATTTGAAAATCTGTCTTCTG
ACAAATAAAAAGCATTTATTTCACTGC


>ENST00000380299 cdna:KNOWN_protein_coding
ATGACAGAACAGCCAATCTCAGGGCAAGTTAAGGGAATAGTGGAATGAAGGTTCATTTTT
CATTCTCACAAACTAATGAAACCCTGCTTATCTTAAACCAACCTGCTCACTGGAGCAGGG
AGGACAGGACCAGCATAAAAGGCAGGGCAGAGTCGACTGTTGCTTACACTTTCTTCTGAC
ATAACAGTGTTCACTAGCAACCTCAAACAGACACCATGGTGCATCTGACTCCTGAGGAGA
AGACTGCTGTCAATGCCCTGTGGGGCAAAGTGAACGTGGATGCAGTTGGTGGTGAGGCCC
TGGGCAGATTACTGGTGGTCTACCCTTGGACCCAGAGGTTCTTTGAGTCCTTTGGGGATC
TGTCCTCTCCTGATGCTGTTATGGGCAACCCTAAGGTGAAGGCTCATGGCAAGAAGGTGC
TAGGTGCCTTTAGTGATGGCCTGGCTCACCTGGACAACCTCAAGGGCACTTTTTCTCAGC
TGAGTGAGCTGCACTGTGACAAGCTGCACGTGGATCCTGAGAACTTCAGGCTCTTGGGCA
ATGTGCTGGTGTGTGTGCTGGCCCGCAACTTTGGCAAGGAATTCACCCCACAAATGCAGG
CTGCCTATCAGAAGGTGGTGGCTGGTGTGGCTAATGCCCTGGCTCACAAGTACCATTGAG
ATCCTGGACTGTTTCCTGATAACCATAAGAAGACCCTATTTCCCTAGATTCTATTTTCTG
AACTTGGGAACACAATGCCTACTTCAAGGGTATGGCTTCTGCCTAATAAAGAATGTTCAG
CTCAA

e se non chiedo troppo..Proponi una procedura alternativa che consenta secondo te di identificare correttamente gli esoni facendo il minor numero di errori.

grazie!
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