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Vars
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Inserito il - 15 aprile 2011 : 11:27:41  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Vars Invia a Vars un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Per favore, mi spiegate passo passo come si costruisce una matrice basata sull'algoritmo di Needleman e Wunsch? allora assegno 1 a ogni match e 0 a ogni gap e mismatch e poi devo, in base al punteggio ottenuto in ogni casella, costruire il path migliore, giusto? però nn ho capito in base a cosa passo da una casella all'altra, cioè partendo dal margine in basso a destra come faccio poi ad arrivare alal fine della matrice? ho capito che devo sommare il valore della casella in esame al punteggio ottenuto fino a quel momento, ma come si fa a passare da una casella all'altra? nn so se m sono spiegata bene..

domi84
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Smile3D

Città: Glasgow


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Inserito il - 18 aprile 2011 : 08:38:21  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ciao Vars!
L'argomento è stato spiegato talmente tante volte che...non ce la faccio più

Questi due link dovrebbero risolvere i tuoi dubbi:
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=11392&SearchTerms=NEEDLEMAN
http://www.molecularlab.it/forum/topic.asp?TOPIC_ID=17400&SearchTerms=matrice

EDIT: metto anche in rilievo, va...

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
Le foto che ho scattato...
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Vars
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44 Messaggi

Inserito il - 18 aprile 2011 : 21:31:32  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Vars Invia a Vars un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
li avevo già letti, ma i miei dubbi sono rimasti lo stesso!
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 19 aprile 2011 : 00:09:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Cosa non ti è chiaro?!
Partendo da basso a destra, ogni casella (vedi casella rossa) è dato dal numero più grande di quelle arancioni +1 se è presente 1 nella casella.
Esempio: la casella in rosso c'era +1, mentre il numero più grande di quelle arancioni è 5, quindi nella casella rossa va il 6...

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Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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Vars
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Inserito il - 19 aprile 2011 : 15:29:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Vars Invia a Vars un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
nn riesco a capire in base a cosa passo alla casella successiva..cioè ho capito che il punteggio della casella in esame va sommato al punteggio accumulato precedentemente, però non mi è chiaro come si avanza ad esaminare la casella successiva..nn so se m sn spiegata bene..cioè, alla casella con con il perimetro rosso in cui c'è il 2 come si arriva?
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domi84
Moderatore

Smile3D

Città: Glasgow


1723 Messaggi

Inserito il - 19 aprile 2011 : 20:37:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di domi84 Invia a domi84 un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Partendo dall'angolo in basso a destra ogni volta ti sposti alla casella successiva a sinistra, quando finisce la riga cominci la riga superiore partendo da destra. Nel caso del 2 prima hai fatto la casella dove c'è il 3 (a destra)

Il mio blog: http://domi84.blogspot.com/
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Vars
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Inserito il - 20 aprile 2011 : 10:35:31  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Vars Invia a Vars un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ah ecco...nn riuscivo a trovare qst informazione, ho visto ovunque! grazie mille...solo un'ultima domanda..ogni volta che mi trovo in una casella,quindi ogni volta che mi sposto a sinistra di una casella,secondo quale direzione mi muovo per calcolare i punteggi da inserire a partire da quel punto? e se per queste caselle che dovrò toccare ci sono già passata, devo sommare il punteggio che ottengo la seconda volta al punteggio che ho ottenuto la prima volta in cui ci sono passata?

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Vars
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44 Messaggi

Inserito il - 20 aprile 2011 : 10:37:48  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Vars Invia a Vars un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
scusami se rompo, ma sn stata assente alla lezione in cui hanno spiegato questa cosa e nn ci sto capendo nnt!
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maurice
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Inserito il - 10 giugno 2011 : 19:12:56  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di maurice Invia a maurice un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ragazzi ma che significa EDNAMAT?e su che logica è costruita tale matrice?(è il mio primo post:D)
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