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Francuzz
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
 Inserito il - 03 maggio 2011 : 12:20:20
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Salve a tutti.
Sto facendo uno studio statistico/genetico sull'interazione tra vari loci applicando la correzione di Bonferroni. Qualcuno mi potrebbe indicare un programma anche a pagamento che mi calcoli il p value fino a 10^-60?
Grazie per l'aiuto
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
 Inserito il - 03 maggio 2011 : 13:09:00
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Scusami ma quale sarebbe la ragione di mettere un alfa così basso?
EDIT: ad ogni modo R è in grado di darti risultati < 10^-60. Continuo a non capirne l'utilità però.
Es:
> t <- t.test(rnorm(100, 0, 1), rnorm(100, 10, 1))
> t$p.value
[1] 6.421491e-148
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Francuzz
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 13:17:04
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| Vorrei vedere la significatività di più loci insieme. Se prendo in esame 10 loci= p value 0.05 non lo potrò assumere per tutti i loci insieme. Ho più variabili che mi concorrono alla descrizione di un evento 0.05/10= 0.005 e così via. |
Non ci sono cose che si devono o non si devono fare, ma solo cose che andavano o non andavano fatte (F. De Chiara) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 13:24:24
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Hmmmm... la significatività di cosa? Quale sarebbe l'ipotesi nulla? Immagino quindi tu stia facendo confronti multipli, giusto?
Me lo chiedo perchè non so quale sia la precisione numerica su valori così piccoli...
Non potresti usare un modello lineare ad es? |
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Francuzz
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 13:53:13
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Si. Uso una regressione lineare multipla. L'ipotesi nulla, nella mia fattispecie, ¨¨ che tutte le mutazioni che si hanno in un determinato pathway siano dovute al caso e che la probabilit¨¤ di commettere un errore di tipo I (la probabilit¨¤ ¦Á di trovare una differenza significativa quando in realt¨¤ essa non esiste) ¨¨ di p= 0.05. Prendendo in esame pi¨´ variabili bisogna applicare alcune correzioni. Sempre nel mio caso ¨¦ quella di Bonferroni: cio¨¨ si dichiareranno significativi solo quei risultati con p-valore alfa/N dove N ¨¨ il numero delle variabili indipendenti che "dovrebbero" influenzare quella dipendente. Se N ¨¨ elevato anche scarti piccolissimi saranno significativi.
Spero di essere riuscito a farmi capire.  |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 14:03:28
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| Sì, ma la correzione di Bonferroni la fai nel caso tu faccia test multipli (es. tanti t-test, uno per ciascun locus). Se consideri tutte le variabili insieme e fai solo un test non c'è bisogno di farla. |
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Francuzz
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 14:27:57
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| i test multipli li faccio con i locus e quindi la correzione di Bonferroni. La regressione lineare multipla con le varie variabili che possono influenzare l'insorgenza della malattia. Ho scaricato R, ma è un pochettino ostico. |
Non ci sono cose che si devono o non si devono fare, ma solo cose che andavano o non andavano fatte (F. De Chiara) |
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chick80
Moderatore
Città: Edinburgh
11491 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 14:49:57
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Citazione:
Ho scaricato R, ma è un pochettino ostico.
All'inizio può sembrare un po' tosto, ma è uno dei migliori (se non il migliore) software di statistica sul mercato.
Consiglio di scaricare RStudio, che è un'interfaccia grafica fatta molto bene per R.
Inoltre su CRAN trovi un sacco di manuali: http://cran.r-project.org/
Guarda soprattutto nella sezione "contributed", troverai gli ottimi "Practical Regression and Anova using R" e "Statistics Using R with Biological Examples". |
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Francuzz
Nuovo Arrivato
18 Messaggi |
Inserito il - 03 maggio 2011 : 14:55:41
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Grazie, sei stato molto gentile. A buon rendere  , ah comunque grazie per avermi consigliato il mio nuovo passatempo...^^ |
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P value 10^-60
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