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flavio74
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 27 ottobre 2006 : 19:23:14

Ciao a tutti

premetto che sono un ricercatore in erba

che fino a poco tempo fa aveva pochissima confidenza con internet; il mio problema è il seguente:
ho bisogno di consultare quanti più possibili risultati di microarray con i dati sia grezzi che elaborati relativi al carcinoma dell'ovaio;

Mi hanno consigliato lo stanford microarray, ma i dati dei microarray che ho trovato non sono organizzati in cluster e poi sono relativi solamentea due ricercatori;

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 27 ottobre 2006 : 23:05:00

Ciao flavio e benvenuto!
Sposto il tuo messaggio nella sezione bioinformatica dove sicuramente qualcuno ti saprà dare una mano!

Ciao e in bocca al lupo.

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flavio74
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 28 ottobre 2006 : 13:16:29

aggiungo qualche particolare magari vi può essere più facile aiutarmi
in particolare mi servono i profili di espressione genica di tessuto ovarico normale, tessuto di ca ovarico da pezzo istologico (quindi non colture); vi prego è molto importante per me, grazie a tutti

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 28 ottobre 2006 : 17:03:24

Ciao,
non ho capito bene se cerchi dati di microarray già pubblicati, o se ti serve un software per leggere dati già in tuo possesso.

Prova a dare un'occhiata al database di Microarray gestito dall'ebi: http://www.ebi.ac.uk/Databases/microarray.html

Forse per i livelli di espressione ti possono essere utili GeneSorter (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgNear) e Visigene (http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgVisiGene?hgp_listSpec=); se cerchi altre risorse sui microarray, prova ad usare questi motori di ricerca: www.net/search.php?keyword=microarray&x=0&y=0" target="_blank">http://biowww.net/search.php?keyword=microarray&x=0&y=0 , e http://search.dmoz.org/cgi-bin/search?search=microarray&all=yes&cs=UTF-8&cat=Science%2FBiology%2FBiochemistry_and_Molecular_Biology%2FGene_Expression

scusa se non ti rispondo meglio ma sono un po' fuso al momento ;)

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

flavio74
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2006 : 12:26:30

Ragazzi, è molto importante per me, ve lo richiedo:

ho bisogno dei pattern di espressione genica del ca dell'ovaio, fatti su un maggior numero di geni possibile (pattern di espressione quantitativa) e se possibile degli stessi pattern su tessuto ovarico normale.
Grazie a tutti

chick80
Moderatore

Città: Edinburgh

11491 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2006 : 20:39:45

Vedi se questi articoli possono esserti d'aiuto:

Monitoring gene expression profile changes in ovarian carcinomas using cDNA microarray.

Microarray Comparative Genomic Hybridization Profile of a Murine Model for Epithelial Ovarian Cancer Reveals Genomic Imbalances Resembling Human Ovarian Carcinomas

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flavio74
Nuovo Arrivato

6 Messaggi

Inserito il - 02 novembre 2006 : 21:05:09

Ti ringrazio tanto chick80, il primo mi interessa moltissimo e non lo conoscevo; io intendevo se è possibile consultare qualche database di microarray pubblico, per consultare i risultati ottenuti dai microarray di più ricercatori possibili; ad esempio i risultati grezzi ed elaborati del primo studio che mi hai suggerito; (in particolare i grezzi per ulteriori elaborazioni);

vi ringrazio per tutte le indicazioni che vorrete darmi

dallolio_gm
Moderatore

Prov.: Bo!
Città: Barcelona/Bologna

2445 Messaggi

Inserito il - 03 novembre 2006 : 16:00:58

Ciao, purtroppo ho cercato un po' ma mi sembra che non ci siano molti dati sul carcinoma delle ovarie.
C'e' questo:
http://www.ebi.ac.uk/aerep/result?queryFor=Experiment&eAccession=&eKeyword=&eSpecies=&eAuthor=wang&eArrayAccession=&eExperimentType=&eLaboratory=&eArrayDesignName=&eExperimentalFactor=&ePublication=&eArrayProvider=&eDescription=carcinoma
ma forse e' lo stesso che avevi visto anche tu.
Questi sono altri database pubblici:
http://ihome.cuhk.edu.hk/~b400559/arraysoft_public.html#Public%20microarray%20database%20%28in%20alphabetical

Per avere i dati dei microarray grezzi puoi guardare tra i 'Materiali e Metodi' e le 'Risorse Addizionali su web', che corredano a volte questo tipo di articoli.
Inoltre ti consiglio un buon motore per la ricerca di articoli: http://www.hubmed.org/search.cgi?q=%22ovary+carcinoma+AND+microarray%5Bmethods%5D
Se clicchi sui tre bottoni affianco alla casella di ricerca, ci sono delle buone funzionalita' per raffinare la ricerca.

Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)

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