Forum

Utilità
Cerca nel sito:
Scrivimi Contattaci
Glossario Dizionario
Strumenti per interagire con il sito Tools
Mappa del sito Mappa del sito
I libri
consigliati:

Darwin
Darwin
Jonathan Howard

Geni e genomi
Geni e genomi
Paul Berg, Maxine Singer

Dove ci porta la scienza
Dove ci porta la scienza
Alberto Oliverio

Altri Libri
Nome Utente:
 Password:
Riconoscimi automaticamente
 Tutti i Forum
 MolecularLab
 Bioinformatica
 Blast:banale ma vitale		  Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
I seguenti utenti stanno leggendo questo Forum Qui c'č:
Risorse di Bioinformatica: Guide tools online Blog InsideBioinfo Siti di Bioinformatica Protocolli Ultime notizie

Aggiungi Tag Aggiungi i tag

Quanto č utile/interessante questa discussione:

Autore Discussione  

fpotpot
Utente

Cittā: middleofnowhere


1056 Messaggi
Inserito il - 31 ottobre 2006 : 16:27:47  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di fpotpot Invia a fpotpot un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ciao a tutti bioinfo e non!
ok...la domanda e' da terza elementare ma so che siete pazienti.
Una volta fatto allineamento pBLAST tra due sequenze note appare-se le due sequenze hanno similarita'-un quadrato grigio con una striscia blu in mezzo.Che significa?
grazie!!

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 31 ottobre 2006 : 22:40:35  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Intendi bl2seq con pblast? Un quadrato con una linea blu in diagonale?
Quello č una specie di dotplot che indica la posizione dell'allineamento.
Su una coordinata vi sono le basi di una sequenza e sull'altra quelle della seconda.
Se le due sequenze sono identiche dovresti vedere una diagonale perfetta; se ci sono traslocazioni, una due diagonali spezzate, divise da una linea orizzontale (trasparenti); se vi sono inversioni, una diagonale nel senso opposto.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

fpotpot
Utente

Cittā: middleofnowhere


1056 Messaggi
Inserito il - 01 novembre 2006 : 10:03:07  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di fpotpot Invia a fpotpot un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
nn ci sarei mai arrivata!grazie mille!!!
Torna all'inizio della Pagina

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 01 novembre 2006 : 13:51:46  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Figurati.. in effetti mi sembra strano che non ci sia un buon help per quella pagina su ncbi (forse sono cecato).
Cmq, č una cosa del genere: http://www.dia.unisa.it/~ads/BIOINFORMATICA/BiologiaMolecolare/pag/dotplot.html , anche se l'algoritmo č diverso.
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

fpotpot
Utente

Cittā: middleofnowhere


1056 Messaggi
Inserito il - 01 novembre 2006 : 19:04:54  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di fpotpot Invia a fpotpot un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
nn so,ho cercato ma per quanto riguarda bioinfo credo di esser cecata piu' io..!
grazie mille!!!
Torna all'inizio della Pagina

dallolio_gm
Moderatore


Prov.: Bo!
Cittā: Barcelona/Bologna


2445 Messaggi
Inserito il - 02 novembre 2006 : 02:20:58  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di dallolio_gm  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di dallolio_gm Invia a dallolio_gm un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
;) adesso devo trovare quell'help! E' una questione di principio!
Il mio blog di bioinformatics (inglese): BioinfoBlog
Sono un po' lento a rispondere, posso tardare anche qualche giorno... ma abbiate fede! :-)
Torna all'inizio della Pagina

fpotpot
Utente

Cittā: middleofnowhere


1056 Messaggi
Inserito il - 02 novembre 2006 : 16:37:50  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di fpotpot Invia a fpotpot un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
..beh,ho guardato nel getting started,nella reference all'inizio del programma di allinamento delle due sequenze.Non ho trovato nulla...in questo mondo esser poco "bioinformato"rende veramente la vita difficile...
grazie per le risposte!
Torna all'inizio della Pagina
  Discussione  

Quanto č utile/interessante questa discussione:

 Nuova Discussione  Nuovo Sondaggio Nuovo Sondaggio
 Rispondi Aggiungi ai Preferiti Aggiungi ai Preferiti
Cerca nelle discussioni
Vai a:
MolecularLab.it © 2003-24 MolecularLab.it Torna all'inizio della Pagina