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Aaargh
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 14:04:39  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aaargh Invia a Aaargh un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Salve.
Premetto che sarò un po' prolisso, ma fondamentalmente chiedo poco (mi dilungo perché spiego come ragionerei io, così se dico qualcosa di errato potete dirmi dove sbaglio).

Faccio copia e incolla del testo dell'esercizio:
Citazione:
Tre delle molte mutazioni recessive di Drosophila che alterano il colore del corpo, la forma delle ali e la morfologia delle setole sono: black (b), dumpy (d) e hooked (h). Da un incrocio tra una femmina dumpy con un maschio black e hooked, tutta la F1 è risultata selvatica per tutti e tre i caratteri. Il reincocio di una femmina della F1 con un maschio dumpy, black e hooked ha dato i seguenti risultati:
Selvatico 169
Black 19
Black, hooked 301
Dumpy, hooked 21
Hooked 8
Hooked, dumpy, black 172
Dumpy, black 6
Dumpy 305
a) Costruisci la mappa del gruppo di concatenazione di questi geni. Se possibile indica l’ordine e le distanze di mappa tra i geni
b) Determina il coefficiente di coincidenza del cromosoma coinvolto in questo incrocio; calcolare l’interferenza


Il mio procedimento è il seguente.

1. I parentali sono:
B- -H dd
x
bb hh D-

2. Sapendo che la progenie è 100% selvatica, deduco che i parentali sono:
BB HH dd
x
bb hh DD

3. A 'sto punto tutti i figli F1 sono i tripli eterozigoti:
Bb Hh Dd

4. Il reincrocio che ne segue è:
Bb Hh Dd
x
bb hh dd

E otteniamo quei risultati abominevoli lì. E qui mi blocco.
Difatti, che io sapessi, per qualche motivo non poteva venir fuori che i ricombinanti erano più del 50%. Però belin, i genitori sono per forza di cose (fenotipicamente parlando) il selvatico (B H D) ed il triplo recessivo (b h d), come ho scritto nel punto 4. C'è scritto nel testo, no? "femmina della F1 -- tutta la F1 è risultata selvatica per tutti e tre i caratteri -- con un maschio dumpy, black e hooked" . E allora come fa a esserci la classe parentale "al secondo posto" di frequenza (169 e 172 contro i 301 e 305 di altre due) ? IMHO qui non ha senso.

Ma ammesso che abbia senso, sono andato avanti, e ho visto le classi meno rappresentate, ovvero quella con 6 (bb dd Hh genotipo, b d H fenotipo; dumpy e black) e quella con 8 (Bb Dd hh genotipo, B D h fenotipo; hooked). Facendo quindi il confronto con i parentali, quello "strano" che cambia è il gene H. Ergo H è al centro.
E invece no, le soluzioni danno B al centro.

Per salvarvi qualche calcolo:
301+305 = 606
169+172 = 341
19+21 = 40
8+6 = 14
Totale = 1,001

Quindi, problema numero uno: com'è possibile che le parentali non siano rappresentate a sufficienza (la questione del 50%), non siano le più frequenti?
Problema numero due: com'è possibile che i doppi ricombinanti non siano quella di gran lunga meno rappresentata, ma siano al "penultimo posto" tra le rappresentate?

Nota bene: chiedo da un punto di vista accademico, non naturale. Questi esercizi sono pensati per essere risolti in modo meccanico, quindi non dovrebbero esserci intrallazzi troppo particolari tipo "in natura a volte escono risultati inattesi". Esercizi come questo dovrebbero, ripeto DOVREBBERO, seguire le regole base.

=====================================

In secondo luogo mi porto avanti con la domanda che scatterebbe successivamente, però la faccio su un altro esercizio. Ovvero, come si fa il reincrocio a tre punti (immagino ve l'abbiano chiesto alla nausea lol).

Diciamo che abbiamo il solito:

Citazione:
Da un incrocio AaBbCc x aabbcc si ottiene la seguente progenie:
ABC 88
ABc 12
AbC 4
aBC 1
Abc 0
aBc 5
abC 10
abc 80

Qui sì belin che ci siamo: le parentali (88 e 80) sono più rappresentate, poi abbiamo i doppi incroci (0 e 1) al minimo sindacale, e poi bon i singoli.

Procedendo come prima quindi arrivo a dire che il gene al centro qui è A, perché nei doppi ricombinanti è lui che cambia posizione ('stavolta è corretto A, controllato).
Quindi è B - A - C come disposizione.

Ora, la FR è data da [ricombinanti in prima regione + doppi ricombinanti]/[progenie]
Quindi andando a considerare i numeri ed i fenotipi, si vede che ABc ed abC "stanno insieme" (e numericamente infatti sono vicini), quindi fanno parte di una regione. AbC ed aBc idem, sono nell'altra regione.
Quello che non ho ben chiaro è come fare a capire se la prima regione è B - A oppure A - C.
Insomma senza saperlo io posso pure fare i calcoli: mi viene fuori che uno è 11.5 centimorgan, l'altro è 5 centimorgan. Però poi non so se è B - A a distare 11.5 oppure se è A - C a distare 11.5 (o 5, ovviamente).
Il mio ragionamento, un po' a caso, è dire "allora, ABc ed abC: quello che cambia qua è C => è distanza dal gene centrale (A) e C" e "AbC ed aBc: quello che cambia è B => è distanza dal gene centrale (A) e B".
Quindi, con 'sto ragionamento a caso, io direi che la distanza B - A è di 5 centimorgan, mentre la distanza A - C è di 11.5 centimorgan.

A questo punto vorrei sapere:
- Il valore di 11.5 e 5 è corretto? Nelle soluzioni quel gran genio della docente ha scritto 5 ed 11. Quindi m'è venuto il dubbio che ci possano essere errori di calcolo, perché 11.5 al massimo si porta a 12 e non ad 11. I calcoli che faccio io sono (totale figli = 200): (4+5+0+1)*100/200 = 5% (5 centimorgan) e (10+12+0+1)*100/200 = 11.5% (11.5 centimorgan)
- Il ragionamento "a caso" che faccio io è quello corretto o quello sbagliato? Insomma, come faccio a sapere quale regione è?

Domani test di genetica, siate gentili =') Grazie ç_ç

niffe
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 14:45:37  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di niffe Invia a niffe un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ALBERTO ahahah Ti stavo spiegando su facebook ma hai spento tutto. Il gene b è al centro perchè ...tu per vedere qual è il gene che sta in mezzo devi prendere il fenotipo di un parentale e il fenotipo di un doppio ricombinante.

ora tu devi prendere il fenotipo di un parentale in questo caso Black Hooked ( bb D- hkhk)
e poi ti guardi il doppio ricombinante, prendi il Fenotipo di uno a caso dumpy black ad esempio che è ( bb dpdp HK-)

li confronti e noterai che è rimasto uguale il nero, ossia bb
allora è il gene che sta in mezzo, bb...
a questo punto avrai una mappa cosi

dpdp______bb________hkhk

fin qua ci sei?
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Aaargh
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14 Messaggi

Inserito il - 15 giugno 2011 : 15:14:36  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aaargh Invia a Aaargh un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Suppongo che Alberto sia un collega che domani mi sarà compagno di sventura, vittima anch'egli della prof "Pecorino". Bando alle ciance... :p

Che io avessi capito, i genitori dei casi in lista sono rispettivamente:
- F1 (triplo eterozigote; Bb Dd Hh)
- Triplo omozigote recessivo bb dd hh

Cioè da come leggo io il testo a me sembra che abbiamo:
- F0 = bb hh D- ; B- H- dd
E questa F0 genera la F1:
- Bb Dd Hh
Poi infine abbiamo la F2:
[vari casi, in totale 1,001 figli compongono la F2]

A me boh pare di leggere così O.o
Tu da cosa deduci che i vari casi in lista (quelli che fanno in totale 1,001 figli) nascono dal black-hooked (che io colloco non in F1 come te, ma in F0) ? Suppongo che l'altro genitore, oltre a black-hooked, sia il dumpy.
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niffe
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 15:28:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di niffe Invia a niffe un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
ahahah che smarrone , pensavo fossi appunto un nostro compagno che mi aveva appena chiesto questa spiegazione su facebook.

Allora , la cosa è piu facile e automatica di tutti i casini mentali che ti stai facendo tu.
Per quanto ci sarà sicuramente una spiegazione genetica impeccabile non ti deve interessare piu di tanto al fine di risolvere un esercizio come questo.
La cosa che tu devi fare per individuare i parentali è semplicemente guardare i fenotipi che abbiano frequenza maggiore. Ne ho fatti a palate di esercizi di questo tipo e in neanche un caso c'è stata una variazione rispetto alla suddetta regola.

Quindi tu semplicemente guardi i fenotipi con maggiore numero, in questo caso Black, hooked 301 e Dumpy 305

ora risali ai rispettivi fenotipi e dal testo dell'esercizio deduci che il black hoocked sia bb D- hh , e che il Dumpy sia B- dd H-

e fin qua direi che ci siamo.
Poi ....fai la stessa cosa con i doppi ricombinanti che sono quelli con frequenza minore, quindi Hooked 8 ( B- D- hh) e Dumpy Black 6(bb dd H-)

Ora tu devi prendere un parentale e un doppio ricombinante. Per renderti le cose ancora piu facili ti consiglio di prendere il parentale con numero maggiore e il doppio ricombinante con numero maggiore quindi in questo caso prendo il parentale Dumpy e il doppio ricombinante Hooked e confronto i loro fenotipi.

B- dd H-
B- D- hh

ok? quello che noti...è che cambia tutto fuorchè B , allora è quello che sta in mezzo.
in altri casi, potrebbe succedere che resti tutto uguale fuorchè uno solo che cambia, e anche in tal caso andrebbe quello in mezzo.

Questo invece è il caso in cui tutto cambia e resta uguale solo uno , che comunque va in mezzo.


quindi la mappa che esce è

dd_______bb_______hh


Ora ci sei ? tra parentesi ora mi è venuta la curiosità...chi sei :P ?
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Aaargh
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 15:58:45  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aaargh Invia a Aaargh un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Ok direi che il ragionamento torna, perché così si risolve il problema del 50% e la B viene fuori al centro.

Però comunque non mi torna perché il testo dell'esercizio ci dica "reincrociamo F1 con triplo omozigote recessivo". La spiegazione più logica che mi viene leggendo il resto e quello che dici te è che semplicemente è una belinata e lei s'è confusa. Insomma, il testo è sbagliato quando dice "Il reincocio di una femmina della F1 con un maschio dumpy, black e hooked ha dato i seguenti risultati" (a parte la "r" mancante, vabbé), è una frase che non doveva starci e il testo in realtà sta dicendo "In un altro caso incrociamo la femmina dumpy e il maschio black hooked ed otteniamo i seguenti risultati".

Che peraltro poi sarebbe anche contraddittorio dire prima che da quei genitori (maschio black hooked e femmina dumpy) hai solo fenotipo dominante e poi all'improvviso invece ti compaiono tutti i casi possibili perché *puff* compare il crossing over che prima non c'era. Insomma a me pare che l'esercizio lo poteva scrivere meglio il mio cane alzando la zampa sulla sabbia: è una mia impressione e sono io a non capire cosa c'è scritto o effettivamente c'è un errore madornale nel dire che accoppia F1 con triplo omo rece ed un altro errore logistico nel dire che la stessa coppia dà origine a due progenie differenti?

Bon, comunque sia, diciamo che sia un fraintendimento e via. Faccio il confronto parentali/DR e ottengo che B è al centro.

Rimangono le altre due questioni:
> 11.5 in quell'esercizio è corretto o c'è qualche errore e dovrebbe venirmi realmente 11?
> Come fare per determinare quali geni sono agli estremi di una zona di cui calcolo la lunghezza?

Probabilmente non mi conosci, ma di nome faccio Walter.
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niffe
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 16:11:30  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di niffe Invia a niffe un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
mmm walter non ne conosco effettivamente.

Comunque tu non farti paranoie , quando vedi un esercizio di questo tipo ragiona per step, ti trovi i parentali semplicemente guardando le frequenze maggiori e i doppi ricombinanti guardando quelle minori. Confronti i fenotipi e capisci il gene che sta in mezzo.

Per quelli che stanno ai lati non c'è problema perchè non sono cosi bastardi da farteli calcolare, loro te li danno già in sequenza ti dicono per esempio , c'è l'allele del pelo nero bb , l'allele delle ali corte cc e l'allele delle corna gialle gg
Tu una volta che ti sei trovato quello che sta nel mezzo lo inverti semplicemente con quello che c'era prima, e tutto il resto lo lasci cosi non ti fare piu problemi di quelli che ci sono

se ti da bb cc gg e scopri che gg è in mezzo , semplicemente l'ordine sarà bb gg cc


poi tornando al nostro esercizio, ti calcoli la regione 1 facendo : Ricombinanti 1 + Ricombinanti 2 + Doppi ricombinanti / totale * 100

in questo caso vai semplicemente a vedere escludendo i parentali e i doppi ricombinanti quali sono i fenotipi piu alti...abbiamo selvatico con 169 e horny dumpy black con 172

Regione 1 ossia il tratto che sul gene va da dd____bb ( 169+ 172 + 8 + 6 / 1001 )*100 = 35.5 centimorgan

Regione 2 il tratto che va da bb_____hh ( 21 + 19 + 8 +6 /1001)*100 = 5.4 centimorgan

Vai a esclusione dei ricombinanti rimasti insomma...



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Aaargh
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Inserito il - 15 giugno 2011 : 16:35:28  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aaargh Invia a Aaargh un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Asd. Fidarsi dei professori, e dei testi dei professori, leggendo questo esercizio, non saprei... :D

Ok dai grazie, adesso è più chiaro. Credo che la rovinerò nelle valutazioni della didattica, è imbarazzante quello che è stata capace di fare.

A domani, speremmu ben >.<
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 15 giugno 2011 : 20:30:18  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Aaargh ammetto che i tuoi messaggi, sopratutto l'ultimo, mi hanno infastidita parecchio!
Non conosco la tua professoressa e non ho seguito il corso con lei quindi non posso certo valutare se a lezione sia stata chiara o meno. Però ricorda sempre una cosa: i professori sono lì per insegnare e voi siete lì per imparare. Non è una lotta dove professori cattivi spiegano male le cose e poi pretendono agli esami per il gusto sadico di bocciarvi! Anzi casomai è il contrario e ti assicuro che per un professore è molto meglio se gli studenti passano subito un esame che non doverli bocciare svariate volte e ritrovarsi a correggere più esami in cui si trovano scritte delle volte veramente grandi "bestialità".
La maggior parte delle volte i professori sono disponibili a dare chiarimenti sulle lezioni se qualcosa non è chiaro, quindi un ragionamento da persona matura (che uno che frequenta l'Università mi aspetto che sia), sarebbe quello di andare dal Prof. e chiedere ulteriori spiegazioni al posto di fare affermazioni di questo tipo: "Credo che la rovinerò nelle valutazioni della didattica".

Comunque sia se sei arrivato a leggere fino a qui, ti spiego dove sta il tuo errore e la tua erronea comprensione del testo dell'esercizio.
Il punto principale è che hai fatto confusione tra "individui parentali" che sono quelli della generazione F0 e "gameti parentali" prodotti dall'individuo eterozigote, si chiamano così perché sono quelli che hanno ereditato dai genitori (appunto gli individui parentali) e rispecchiano il fenotipo degli individui parentali.
Infatti in F0 tu hai:
Citazione:
incrocio tra una femmina dumpy con un maschio black e hooked

questi sono gli individui parentali, rispettivamente:
- dumpy
- black e hooked

poi nella progenie del reincrocio, che rispecchia i gameti prodotti dall'individuo eterozigote hai:
Citazione:
Black, hooked 301
Dumpy 305

questi sono i PARENTALI, gameti più frequenti che come vedi rispecchiano esattamente i fenotipi degli individui parentali!
Spero sia chiaro ora.

Il fatto di sapere quali siano gli "individui parentali" della F0 è importantissimo per sapere come sono associati i geni nell'eterozigote della F1.
Se tu hai:
F0     ABC x abc    (fenotipi)
   ABC/ABC x abc/abc (genotipi)

Produrranno una F1 così:
F1     ABC    (fenotipo)
     ABC/abc (genotipo)

ovvero con tutti i geni in cis.
Ma se tu avessi questo caso:
F0     ABc x abC    (fenotipi)
   ABc/ABc x abC/abC (genotipi)

Produrranno una F1 così:
F1     ABC    (fenotipo)
     ABc/abC (genotipo)

quindi A e B in cis e C in trans.

Quindi tornando al tuo esercizio, il genotipo degli individui F1 sarà: dBH/Dbh
poi da lì vedi i gameti parentali e ricombinanti che produce.
In realtà nel tuo esercizio era più semplice perché avendo la progenie non ti serviva il dato sugli individui F0, era solo un'informazione in più.
Comunque sia il ragionamento che ci sta dietro è questo e spero ti sia chiaro ora perché in questa discussione è stato detto anche qualcosa del tipo: "questi esercizi si risolvono meccanicamente a prescindere dal ragionamento che c'è dietro".
NO è proprio il contrario, quello che dovete capire è il ragionamento e non fare le cose come se foste degli automi senza cervello!

Spero sinceramente che il mio intervento a qualcosa sia servito.
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Aaargh
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Inserito il - 16 giugno 2011 : 13:46:00  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di Aaargh Invia a Aaargh un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Non è la sede opportuna per fare certi discorsi, e se lo fosse ti spiegherei perché la docente in questione merita da parte mia (e dei miei colleghi) un giudizio negativo che la allontani dalla nostra didattica. Proprio perché rispetto i docenti non voglio che certi elementi ne rovinino la reputazione. Perché i futuri studenti possano avere un vero insegnante di genetica, ammesso che ci sia ancora bisogno di insegnarla (per come la facciamo noi).

Venendo al resto del post, a dire il vero non ho capito (letto di fretta), ma grazie comunque della spiegazione. Mi avevano suggerito che una possibile soluzione fosse legata appunto alla conformazione cis e trans, cosa che peraltro abbiamo forse accennato in qualche lezione mattutina e niente più, ma non è mio particolare interesse approfondire al momento.
Però cercherò comunque di capire (se vuoi aiutarmi te, altrimenti cercherò altrove, di certo non andrò a chiedere alla mangiafondi) la questione, perché anche oggi c'era un esercizio che recitava medesimamente "incrociando un triplo eterozigote con il triplo omozigote recessivo dà i seguenti risultati: [lista dei vari casi]". La prima domanda dell'esercizio è "determinare il fenotipo ed il genotipo dei genitori". Ci possono essere tutti gli intrallazzi di 'sto mondo con la cis e la trans, ma non venirmi a dire che un esercizio che ti dice "da questi genitori hai questi figli: chi sono i genitori di quei figli?" è formulato in Italiano e segue una logica perché non lo è (al massimo sarà un linguaggio segreto dei genetisti, boh).
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GFPina
Moderatore

GFPina

Città: Milano


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Inserito il - 16 giugno 2011 : 17:52:51  Mostra Profilo  Visita l'Homepage di GFPina  Clicca per vedere l'indirizzo MSN di GFPina Invia a GFPina un Messaggio Privato  Rispondi Quotando
Come ho detto all'inizio, non conosco il caso specifico e non posso giudicare, però non è bello leggere queste cose in un forum pubblico e per di più con il nome del Prof.
Se poi veramente ce n'è motivo, avete tutti i diritti di lamentarvi con chi di dovere... ma come dici tu: "questa non è la sede opportuna", quindi chiudiamola qui.

Io personale ci tengo che gli studenti imparino la Genetica e sopratutto ragionino sulle cose.
Per aiutarti ti aiuto volentieri, però forse se hai letto di fretta la mia precedente spiegazione prova a rileggerla con calma e poi nel caso dimmi cosa non è chiaro.

L'esercizio che citi a me sembra che abbia una logica, anche se a te sembra non averla.
Il punto è questo:
- se tu hai un individuo eterozigote per 3 geni, che segno come AaBbCc, puoi non sapere come sono disposti sul cromosoma e come sono associati
- se incroci questo individuo con un triplo omozigote recessivo (aabbcc) e analizzi la progenie scopri se i geni sono associati o indipendenti, a che distanza di mappa di trovano e che come sono associati (cis o trans)
Esempio:
Hai questa progenie
ABC 56
abc 56
Abc 24
aBC 24
ABc 14
abC 14
AbC 6
aBc 6
Tot 200
cosa deduci?
1° i parentali sono i più frequenti, quindi:
ABC 56 e abc 56
allora l'eterozigote ha tutti e 3 i geni in cis, così: ABC/abc
2° per stabilire l'ordine dei geni confronti i parentali con i doppi ricombinanti (meno frequenti)
ad es. ABC con AbC
l'unico gene che cambia è B, quindi B che in mezzo, l'ordine è ABC
3° calcoli la distanza tra i vari geni (ho messo apposta dei numeri facilissimi per semplificare i calcoli)
Distanza A-B: (ricombinanti I° + doppi ricombinanti)/tot = (24 + 24 + 6 + 6)/200 = 0.3 = 30% = 30 u.m.
Distanza B-C: (ricombinanti II° + doppi ricombinanti)/tot = (14 + 14 + 6 + 6)/200 = 0.2 = 20% = 20 u.m.
Risposta all'esercizio (cioè alla domanda: "determinare il genotipo dei genitori")
Il genotipo del genitore eterozigote è: ABC/abc
e la mappa è questa:

 A             B         C
 a   30u.m     b  20u.m  c

Il genotipo dell'altro genitore è banale essendo omozigote recessivo: abc/abc

ovviamente io ti ho fatto il caso più facile, ma il ragionamento è questo.
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