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biologina
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
 Inserito il - 15 giugno 2011 : 22:42:25
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mi capita spesso di usare uno rispetto ad un altro ad esempio dopo estrazione uso il ladder lambda ma dopo amplificazione mi viene richiesto dal protocollo il 100 ..il motivo???
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 22:58:39
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Citazione:
Messaggio inserito da biologina
mi capita spesso di usare uno rispetto ad un altro ad esempio dopo estrazione uso il ladder lambda ma dopo amplificazione mi viene richiesto dal protocollo il 100 ..il motivo???
fantasie di protocollatori che ne dici di postarlo? |
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GFPina
Moderatore
Città: Milano
8408 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 23:11:55
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Usi dei marker diversi a secondo delle bande del tuo campione che vuoi vedere sul gel, non esiste un motivo particolare per usare uno rispetto all'altro, solo "quello più comodo" per il tuo scopo.
Ad es. questo è lambda (tagliato con HindIII, quello che comunemente si utilizza)
Se devi vedere ad es. una banda da 1000bp o una da 800bp non è proprio l'ideale, invece un 100bp va bene:
Però lambda ad es. è a più ampio spettro, vedi bande da 125bp fino a oltre 23kb, mentre con un 100bp hai più bande ma tra 100-1000bp (con qualche banda aggiuntiva sopra tipo 1200bp o 1500bp, ma dipende dal tipo/marca di ladder), per vedere bande sopra i 1000bp non è l'ideale.
Insomma il marker da utilizzare va valutato di volta in volta in base alla tue esigenze.
EDIT: rileggendo con attenzione quanto scritto nel tuo post in effetti la cosa se ci rifletti torna, considerando solo quei 2 marker:
- dopo estrazione (non specifichi di cosa però) hai bande più grosse, quindi lambda sarà più indicato
- dopo PCR (non credo siano PCR da 10-20KB) hai bande più piccole e il 100bp è più indicato. |
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biologina
Nuovo Arrivato
92 Messaggi |
Inserito il - 15 giugno 2011 : 23:53:33
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grazie GFPina.
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Martin.diagnostica
Utente Attivo
1582 Messaggi |
Inserito il - 16 giugno 2011 : 00:00:20
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| Mi permetto di aggiungere alla splendida spiegazione fatta da GFPina che esiste un caso particolare in cui si usa un ladder specifico (quantizzato) con lo scopo di eseguire una stima della quantità di DNA presente nel campione. Io di solito eseguivo questo approccio x clonare in pet22 (tanti anni fà) |
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